紧接着，吴兴祚指挥总兵林贤等人率领水师出击，对刘国轩的舰队发动了攻击。清军水师分三路夹击刘国轩的船只，成功烧毁了敌方六十多艘舰船，并俘虏和斩杀了六千多名敌军。吴兴祚随即向朝廷报告了这一胜利，并提出进一步加强海军力量的建议，以期彻底解决郑经的威胁。康熙帝对此表示支持，并下达了相应的命令。
次年，即康熙十八年（1679年），刘国轩再次卷土重来，企图切断江东桥以侵犯长泰。这一次，吴兴祚与都统吉勒塔布、总督姚启圣联手，成功将刘国轩击退。吴兴祚还派遣使者王国泰等人劝降了郑经的多位将领，包括蔡冲琱、林忠等，共招降了三千八百五十名士兵，并接收了六十七艘战船。由于此次的军功，吴兴祚被晋升为正一品官员。
到了康熙十九年（1680年），吴兴祚继续积极备战，他上书请求增派水师，并建造更多的战船。同年二月，水师提督万正色率领大军抵达海坛岛，吴兴祚则与宁海将军拉哈达、总兵王英等一同前往同安，攻取了汭洲和浔尾等要塞。随后，吴兴祚与拉哈达、王英分三路渡海作战，最终击败了郑军，攻占了厦门。
与此同时，万正色也成功攻克了海坛，并招降了郑经的重要将领朱天贵。接着，清军又攻取了金门岛，迫使郑经的余部撤退到台湾。康熙帝得知捷报后，下诏嘉奖，并派遣侍郎温岱前往福建讨论后续事宜。然而，温岱回京后却报告说吴兴祚存在冒功嫌疑，认为万正色才是攻克海坛的主要功臣，而吴兴祚与台湾的朱天贵之间可能存在某些事先约定。尽管如此，康熙帝还是决定对吴兴祚给予适当的奖励，授予他喇布勒哈番世职兼拖沙喇哈番。
三、总督两广
康熙二十年（1681年），吴兴祚被擢升为两广总督。在他履新之初，便积极关注民生疾苦，尤其是广东地区长期遭受前任总督尚之信苛政之苦的情况。吴兴祚上书康熙帝，详述尚之信在广东征收重税，使百姓生活困苦的事实。他列举了诸如盐埠税、渡口税、店铺税及渔业税等苛捐杂税，请求朝廷予以免除，以减轻广东民众的负担。
同时，吴兴祚也注意到了沿海居民因清廷颁布的迁界禁海令而面临的困境。这项政策导致了大量渔民和沿海居民失去了谋生手段，社会动荡不安。吴兴祚敏锐地意识到，如果不对这一政策做出调整，将会严重影响到地方的社会稳定。因此，他向朝廷建议开放海禁，允许沿海居民恢复捕鱼、采珠等传统生计方式。康熙帝对此提议十分重视，派遣尚书杜臻和内阁学士石柱前往广东与吴兴祚共同巡视并制定具体实施方案。这些措施的实施，有效地缓解了广东沿海地区的经济压力和社会矛盾，受到了广大民众的欢迎和支持。