面对河南永城、江南萧县等地连续几年遭受洪灾的情况，乾隆帝命高斌与两江总督赵弘恩、河南巡抚富德共同商讨解决办法。他们共同上奏，提出了关于黄河南岸砀山毛城铺、萧县王家山以及睢宁县峰山等地的治理方案。方案中提到，这些地方原有的 减 水 设施由于年久失修，导致洪涝频发。为此，他们建议疏通旧有的洪沟和巴河，并新开挖蒋沟河，同时修建新的坝体来控制水流方向，确保洪水可以通过新的渠道分流，减轻对永城、砀山等地的影响。
高斌还提出了关于淮扬运河的综合治理计划。他建议在天妃、正越两闸之下各建三座草坝，并在这些草坝下再建正石闸和越河石闸，以此来调节水流速度，防止洪泽湖水过多涌入运河，影响沿岸百姓生活。这一计划得到了皇帝的认可，并随即付诸实施。
面对御史夏之芳等人对毛城铺引河开凿可能带来的负面影响的担忧，乾隆帝再次召集了包括高斌在内的多位官员进行讨论。高斌解释说，毛城铺的减水坝是康熙年间建立的，旨在帮助清理黄河泥沙，减少洪水灾害。他认为，现有的河道改造不会造成严重的后果，反而有助于更好地管理和利用水资源。最终，乾隆帝支持了高斌的观点，并批评了反对者。
乾隆二年（1737年），高斌请求觐见，期间与赵弘恩一起就治河方案进行了深入讨论。乾隆帝听取了各方意见后，最终决定采纳高斌的意见，并命令重新打开新运口，以避免黄河倒灌的问题。
到了乾隆三年（1738年），淮扬运河的工程完工，高斌因此受到了表彰。然而，对于新运口的位置选择，社会上仍然存在一些争议。乾隆四年（1739年），皇帝派遣大学士鄂尔泰前往现场勘查，鄂尔泰赞同高斌的意见，认为新运口的设计合理。同年，高斌再次入京，被命令与直隶总督孙嘉淦、总河顾琮一起检查直隶的河道情况。
乾隆六年（1741年），高斌继续关注河道治理，提出了多项改善措施，包括加固运河南岸的堤坝，以抵御黄河的冲击；调整江都瓜河的口门，以减少淮水的流入；以及建议将镇江南岸的埽工改为砖工，以提高防洪标准。这一系列建议均得到了批准，并得以实施。
三、任职直隶
高斌在乾隆时期的直隶总督任上，继续展现了他的治水才能和对水利建设的深刻理解。乾隆年间，他被调任直隶总督，并兼管总河事务，这意味着他需要同时关注直隶地区的行政管理和河道治理工作。