然而，局势并未因此而平静下来。不久之后，绰罗斯汗噶勒藏多尔济发动叛乱，得到了噶勒杂特人哈萨克锡喇的支持，连同已投降的回部首领莽噶里克一同反叛。面对这一局势，雅尔哈善果断采取行动，逮捕了莽噶里克的同党和他的儿子白和卓。乾隆帝对雅尔哈善的表现表示赞赏，并授予他内大臣衔作为奖励。
在处理叛乱的同时，雅尔哈善还需关注那些尚未明确立场的部落首领，如沙克都尔曼吉。此人率领其部属拒绝了阿睦尔撒纳的叛乱邀请，并选择定居在巴里坤附近。乾隆帝指示雅尔哈善秘密监视沙克都尔曼吉的动向。由于担心粮食供应不足可能导致沙克都尔曼吉的不满，雅尔哈善采取了一个冒险的举措，派遣副将阎相师带领五百人假装迷路进入沙克都尔曼吉的营地，并在夜晚发起突袭。在这次行动中，沙克都尔曼吉及其四千余部下被消灭。雅尔哈善报告称，沙克都尔曼吉与叛乱分子有联系，必须铲除以绝后患。此外，他还派遣部队前往鲁克察克镇压莽噶里克。
到了乾隆二十二年（1757年），清军在兆惠将军的带领下追击噶勒藏多尔济，雅尔哈善派遣侍卫图伦楚率领八百人支援兆惠。同时，提督傅魁在盐池遇到了莽噶里克带领的小股探查部队，并将其抓获后处决。雅尔哈善向乾隆帝报告了此事，但乾隆帝认为莽噶里克作为叛乱首领应当经过正式审判后再行处决，并命令将傅魁押送至京城接受调查。
随着战事的发展，雅尔哈善的职位也不断上升，先是被召回京师担任户部侍郎，随后再次被任命为参赞大臣，并被指派驻扎在济尔哈朗。同年九月，他被提升为兵部尚书，并在年底被命令移驻鲁克察克，负责该地区的屯田事宜。
三、围城失败
乾隆二十三年（1758年），清朝乾隆帝为平息西北边疆的叛乱，派遣雅尔哈善担任靖逆将军，领兵征讨霍集占。这场战役是清朝平定大小和卓叛乱的关键一环。
初春二月，雅尔哈善率军出发，五月抵达库车城下。库车城由霍集占的部将阿卜都克勒木坚守，依托地势，利用柳枝与沙土构建的城墙异常坚固。雅尔哈善采取围困战术，切断城外水源与草料，迫使守军多次出城迎战，均遭挫败。六月，清军又在托木罗克击败援军，霍集占亲率八千精兵，携带先进巴拉鸟枪，穿越阿克苏戈壁前来救援，亦在库车城南被雅尔哈善率军重创，霍集占负伤退回城中。