在军机处期间，福长安不仅得到了骑马进出紫禁城的特权，这一待遇通常是给予那些深受皇帝信任的大臣们的，而且他还频繁地被委以重任。例如，乾隆四十七年（1782年），他被派往奉天一带，负责查办当地的工程事件。这是一项艰巨的任务，需要福长安展现出他解决问题的能力和领导才能。完成任务后，他的表现无疑得到了肯定，这也为进一步的升迁铺平了道路。
随后的日子里，福长安的官职如同坐上了火箭一般迅速上升。乾隆四十八年（1783年），他补任户部左侍郎，这意味着他开始涉足财政管理领域，这对于任何一个官员而言都是极其重要的一步。户部是中国古代中央政府的一个重要部门，负责国家财政管理和税收，因此这个职位的重要性不言而喻。
到了乾隆四十九年（1784年），福长安被授予内大臣的职位，这是他职业生涯中的一个重要里程碑。同年，甘肃石峰堡发生叛乱，福长安在平叛过程中发挥了重要作用。他的努力不仅帮助稳定了当地局势，也为他赢得了嘉奖。这一年七月，因为他在平定叛乱中的杰出表现，福长安与其他几位军机大臣一起，受到了加恩表彰，并被记入军功册。
三、战场显赫：平定台湾与廓尔喀
乾隆五十三年（1788年），台湾岛上的林爽文起义爆发，这场叛乱迅速蔓延，对清廷构成了严重的威胁。为了尽快平息动乱，清政府派遣了大批军队前往台湾进行镇压。在这个过程中，福长安因其在处理政务方面的经验和能力，被赋予了重要的使命。虽然直接参与前线指挥的角色通常由军事将领承担，但福长安在后勤支持、协调各方力量等方面发挥了重要作用，确保了前线作战部队的物资供给和战略部署。
台湾的平叛行动最终取得了成功，福长安也因此获得了朝廷的认可。他不仅在战后的表彰中受到了嘉奖，还因其在此次行动中的出色表现而进一步巩固了自己的地位。这次胜利不仅加强了清朝对台湾的统治，也为福长安赢得了更多的赞誉和支持。
紧接着，在乾隆五十七年（1792年），清廷面临了另一个严峻的挑战——廓尔喀（今尼泊尔的一部分）的入侵。廓尔喀王国试图通过武力扩张领土，对西藏地区构成了威胁。面对这一危机，清朝采取了坚决的态度，派遣大军进行反击。在这场战役中，福长安再次展现了他在组织后勤、调动资源以及协调各路兵马方面的卓越才能。他的努力确保了前线将士的供给，为最终击败入侵者做出了不可磨灭的贡献。