马文升以其敏锐的军事洞察力，很快发现了满四叛军的致命弱点——城中水源短缺，粮食储备亦逐渐枯竭。他意识到，只要能够切断叛军的水源，叛军就如同被困于锅中的鱼，生存空间将急剧缩小，最终不得不屈服。这一策略得到了项忠的支持，经过精密部署，官军成功实施了水源封锁，叛军逐渐陷入困境，战斗力大减，最终走向了失败。平定叛乱后，马文升还建议彻底摧毁石城的城墙，以绝后患，确保叛乱不再有死灰复燃的机会，这一建议被采纳并执行，有效巩固了西北边疆的安全。
平乱之后，马文升并没有停下脚步，他继续在陕西巡抚的职位上发挥重要作用，致力于恢复当地的秩序与经济发展。特别是在茶马贸易方面，他进行了系统的整顿，通过公平的贸易，不仅增强了与各部族的联系，还成功换取了八千余匹番马，大大充实了明军的战马储备，为国防实力的增强做出了贡献。在陕西任职的七年多时间里，马文升不仅展现了卓越的军事才能，更在处理边务方面积累了丰富的经验，其官职也随着功绩的积累而不断晋升，加封左副都御史、兵部右侍郎，成为了明廷不可或缺的边疆重臣。
三、出击鞑靼
明宪宗朱见深统治初期，西北边境面临着来自鞑靼部落的巨大威胁，领主孛罗忽、满都鲁、癿加思兰等连年侵扰，导致边疆危机四伏，社会动荡不安。在这紧要关头，马文升以其卓越的军事才能和深远的战略眼光，被委以重任，承担起保卫国家边疆的艰巨任务。
成化八年（1472年），针对鞑靼频繁的侵扰，马文升审时度势，主动提出在韦州驻扎军队，并巧妙布局，于各堡寨埋伏精兵，以逸待劳。在精心策划之下，马文升在黑水口一役中大获全胜，不仅生擒了敌方平章迭烈孙，还在汤羊岭战役中再下一城，斩首敌军二百，连续的胜利极大地震慑了敌对势力，稳定了西北边疆的局势。然而，马文升的功绩并未得到应有的表彰，他在奏报战功时，坚持实事求是，不夸大其词，加之朝中缺乏有力支持，导致其仅获得微薄的奖赏，这一情况反映了当时官场的复杂与对边疆将领的不公平待遇。