期间，他还承担了主持顺天乡试的重任，此乃国家选拔人才的重要环节，进一步彰显了其在文教领域的影响力。然而，弘治十四年（1501年），因祖母叶氏去世，杨廷和不得不遵从古制丁忧回乡。孝宗皇帝特地下诏赐予驰驿之便，以便其迅速归乡尽孝，这在当时是对臣子的一种极高礼遇。服丧期满后，杨廷和立即被召回朝廷，恢复原职，显示出朝廷对他能力与贡献的高度依赖。
随后的弘治十五年（1502年）是他职业生涯中的另一个高峰，参与编修的《大明会典》告成，杨廷和因此破格提拔为左春坊大学士，这一官职多年未设，他的晋升让士大夫阶层深感惊喜，也反映出他在学术与政坛的双重影响力。同时，他被任命为日讲官，负责向皇帝讲解经书、讨论政事，深得孝宗赏识，多次获赐御物，表彰其贡献。这一年，他还参与纂修《通鉴纲目节要》，书中许多精彩的润色与精辟的评论均出自他手，再次证明了杨廷和在史学领域不可替代的地位。
三、入阁抗瑾
弘治十八年（1505年），随着孝宗皇帝的驾崩，其子朱厚照即位，是为明武宗，杨廷和因曾在东宫担任教师，深受武宗敬重，很快升任詹事府少詹事。正德元年（1506年），武宗改元并继续任用杨廷和为讲官，同时参与编修《孝宗实录》，进一步巩固了其在朝中的地位。
然而，正德二年（1507年）的升任东阁大学士，却使杨廷和直接面对了当时权倾一时的权宦刘瑾。在讲筵上，杨廷和敢于直言，批评宠臣，这直接触怒了刘瑾，后者欲设计陷害，迫使杨廷和调任南京吏部左侍郎。这一看似贬谪的举动，实则是刘瑾试图削弱杨廷和影响力的 手 腕 。但杨廷和以不变应万变，即使面对监视和可能的中伤，依然保持从容不迫的态度，这种超然的气度最终让刘瑾的阴谋未能得逞。不久，武宗念及旧情，一句“杨廷和已入东阁了，户部如何是翰林官呢？”便戏剧性地将杨廷和召回京城，恢复其内阁职位，改兼文渊阁大学士，这一转折体现了杨廷和在武宗心中的重要位置。
正德三年至四年间，尽管刘瑾权势日益嚣张，甚至利用《大明会典》的小错误来扣罚杨廷和的俸禄，企图以此打压，但杨廷和凭借其深厚的政治底蕴和对国家事务的贡献，很快便在《孝宗实录》修成后恢复原俸，并连续获得加官晋爵，升任吏部尚书兼武英殿大学士，这不仅是对他个人能力的肯定，也是对他坚守正义、不畏强权的褒奖。