正德十六年（1521年），随着明武宗驾崩，朱厚熜（即后来的明世宗）即位，朝局再次发生变动。顾鼎臣被明世宗委以重任，兼任经筵官，这意味着他将直接参与到新皇帝的教育和政策讨论中，其影响力和责任进一步增大。然而，伴随权力的提升，挑战也随之而来。同年八月，顾鼎臣与徐缙因被言官弹劾，请求致仕归乡，这可能是朝中政治斗争的结果，或是对某些政策的不同见解引发了非议。但明世宗并未批准他们的请求，显示了对顾鼎臣的信任与依赖，也透露出新皇希望保持核心团队稳定的政治考量。
三、休假养病
嘉靖元年，顾鼎臣作为内阁成员，其在经筵日讲中的表现赢得了明世宗的赏识与信任。经筵日讲，是明代皇帝学习儒家经典、听取臣下讲解的重要场合，顾鼎臣的学识与讲授，无疑加深了皇帝对他的倚重。因此，当顾鼎臣提出因家祭需要返乡时，明世宗不仅特许，还破例允许他乘坐驿站马车，这是一种极高的荣誉与恩赐，反映了皇帝对方的重视与个人关怀。
然而，顾鼎臣的健康状况在此时开始出现问题，嘉靖二年闰四月，他首次因病请求留在家中休养。明世宗最初并未同意，急于让这位得力助手回京复职，可能是因为当时朝中正处多事之秋，急需顾鼎臣这样的重臣辅助。但是，顾鼎臣的病情显然不容忽视，再次提出休养申请，这一次，皇帝出于对臣子健康的考虑，最终准许了顾鼎臣的请求，但同时强调了痊愈后必须尽快回朝服务的要求，这既体现了对顾鼎臣个人健康的关心，也反映出朝廷对方在政治运作中不可或缺的角色。
四、病愈复出
嘉靖五年冬，顾鼎臣在经过一段时间的休养后，身体逐渐康复，得以重返京城，官复原职。他的归来，对于明世宗来说，无疑是一大助力，因为顾鼎臣的学识与政治经验在朝中颇为重要。然而，复出之路并非一帆风顺，其间遭遇了来自吴大本的指责，称其“奸恶邪僻”，试图阻止顾鼎臣的留用。不过，明世宗对顾鼎臣的信任并未因此动摇，显示出帝王对顾鼎臣能力的认可与个人的信赖。