两年后，即万历三年（1575年），凌云翼的职业生涯达到了一个新的高度。他被任命为兵部左侍郎、右佥都御史，总督两广军务，巡抚广东。此时的广东，正面临着海寇林凤的威胁，以及两广罗旁、河池瑶民的起事，形势异常严峻。凌云翼临危受命，他迅速调集兵力，制定周密的战略计划，不仅成功击败了海寇林凤，还平定了内陆的民族冲突，维护了地区的和平与稳定。
鉴于他在广东的杰出表现，凌云翼被加封为右都御史兼兵部侍郎，成为明朝南部边疆的军事要员。这一时期，凌云翼的军事领导才能得到了充分的展现，他不仅在战场上屡建奇功，还致力于改善当地的治安状况，促进了民族团结与边疆稳定，为后世留下了深刻的印记。
四、官至顶峰：兵部尚书与漕运总督
万历六年（1578年），凌云翼的仕途轨迹再次发生了重大变化，这一次，他被朝廷征召回京，出任南京工部尚书，标志着他从地方要员晋升至中央高层。南京工部尚书的职位，赋予了他管理帝国南部工程、建筑及公共设施的重要职责，凌云翼以其丰富的行政经验和卓越的管理才能，迅速适应了这一角色，确保了各项工程的顺利进行。
次年，凌云翼的官职再次升级，他被任命为南京兵部尚书，这意味着他成为了南直隶地区军事力量的最高领导人。这一时期，他不仅需要统筹全局，确保地方的军事稳定，还要应对可能的外部威胁，保护国家的安全。凌云翼凭借其深厚的军事素养和战略眼光，有效维护了南直隶地区的军事秩序，为国家的边防安全作出了重要贡献。
万历八年（1580年），凌云翼的官职再次调整，这次他被授予兵部尚书兼右副都御史的高位，同时还肩负起了总督漕运、巡抚凤阳以及河道督管的重任。这一时期，南北漕运对于国家经济的运转至关重要，它不仅关系到粮食的运输，还影响着各地的物资交流和市场的稳定。凌云翼深知漕运的重要性，他立即着手整顿漕运体系，优化运输流程，加强河道的管理和维护，确保了漕运的畅通无阻。
在凌云翼的领导下，南北漕运效率显着提升，不仅有效保障了国家的粮食供应，还促进了商品流通，对推动经济发展起到了不可估量的作用。此外，他还特别注重河道的治理，采取了一系列措施，如加固堤坝、清理淤泥、修缮桥梁，大大提高了河道的通行能力和防洪能力，为沿岸百姓的生活提供了坚实的保障。
凌云翼在担任兵部尚书兼右副都御史期间，不仅在军事上发挥了重要作用，更在经济领域展现了卓越的治理能力。他的一系列改革和举措，不仅稳固了国家的边防，还促进了经济的繁荣，为明朝中后期的社会稳定和发展奠定了坚实的基础。