三、进入内阁
张居正离开京城返乡守丧之际，深知国家大事不能无主，于是向神宗皇帝推荐了两位亲信进入内阁，以补足他在朝中的力量。这两位人选分别是礼部尚书马自强和吏部右侍郎申时行。神宗接受了张居正的建议，随即下诏，马自强被任命为礼部尚书兼文渊阁学士，而申时行则被授以吏部右侍郎兼东阁大学士的重任，二人正式加入内阁，参与国家重大决策。
申时行的晋升并不止于此，不久之后，他便被提升为礼部尚书兼文渊阁大学士，这一连串的升迁，显示了他在朝廷中的地位与影响力日益增强。此时，内阁中除了新入阁的马自强和申时行之外，还有吕调阳和张四维两位老臣。然而，吕调阳因年事已高且身体多病，实际上已经很少参与内阁的日常工作，这就使得实际在内阁中活跃的阁臣仅剩下张四维、马自强和申时行三人。
在张居正离京的日子里，神宗皇帝特别下令，所有重大国事需迅速报告给张居正，由他做出最终裁决，而一些较为次要的政务，则交由张四维全权处理。在这样的权力架构下，申时行在内阁中的位置显得较为边缘，主要是起到辅助作用，尚未能发挥其独立的决策能力。尽管如此，申时行并未因此气馁，他深知自己在内阁中的地位仍有待提升，而这也是他进一步施展抱负的机会。
四、斗争言官
万历十年（1582年）的夏天，随着张居正的离世，朝廷内的权力格局发生了显着的变化。张居正去世不久，便遭到了反对派的猛烈攻击，其政策和影响力被逐一清算。张四维接替张居正成为内阁首辅，但次年，因父亲去世，他也不得不回乡守丧，留下了一个权力真空。此时，吕调阳和马自强相继病逝，使得内阁中资深的阁臣只剩下申时行一人。申时行自然而然地接过了内阁首辅的位置，开始了他领导下的政治新时代。
申时行面临的内阁包括了新晋的余有丁、许国、王锡爵和王家屏四位阁臣。其中，许国和王锡爵与申时行同为南直隶人士，彼此间的关系十分紧密，而王锡爵更是由御史李植等人推荐入阁，原本意图是牵制申时行，结果却成为了申时行的坚定支持者。余有丁和王家屏在这样的联盟面前显得势单力薄，不得不依附于申时行的势力之下。申时行借此有效掌握了内阁的主导权。