三、内阁争纷
朱翊钧即位之初，面临的是一个充满政治动荡和内部纷争的朝廷。明穆宗去世后，内阁权力的分配和皇权与宦官势力的平衡，成为宫廷政治的核心议题。其中，内阁首辅高拱与司礼监掌印太监冯保之间的矛盾尤为尖锐，这场权力斗争，不仅影响了万历皇帝的早期统治，也对明朝的政治格局产生了长远的影响。
冯保，一个有文化修养的宦官，深受明穆宗的宠信，而高拱则因拒绝支持冯保担任司礼监掌印太监，两人结下了不解之仇。在明穆宗驾崩后，冯保利用权力真空，通过遗诏成功排除了对手孟冲，自己坐上了司礼监掌印太监的位置。与此同时，高拱试图借助文官的力量扳倒冯保，授意多名官员弹劾冯保，但张居正却暗中与冯保勾结，计划排挤高拱。
张居正表面上是高拱的盟友，实际上却在策划高拱的下台。张居正利用万历皇帝对高拱“十岁太子如何治天下”言论的误解，加剧了皇帝对高拱专权的疑虑，最终在隆庆六年（1572年）六月，高拱被免职，张居正接替他成为内阁首辅。高拱的离去对朝堂造成了巨大冲击，高仪随后也因忧愤而亡，留下张居正一人独揽大权。
这次政治动荡对万历皇帝产生了深远的影响，让他意识到了皇权的重要性。年轻的万历皇帝并未因此消沉，反而坚定了自己掌握朝政的决心，他秉持“用人唯我”的原则，牢牢控制着朝廷的人事任免，展现出“少年天子”的魄力。在张居正的辅佐下，万历皇帝在位前十年励精图治，推行了一系列改革，如考成法的实施、一条鞭法的推广，以及加强边防等，使得明朝在一定程度上恢复了活力，开创了所谓的“万历中兴”。
四、太岳辅政
张居正出任内阁首辅后，朱翊钧将朝廷大权几乎全数托付给了他，同时将内廷事务交由冯保处理，形成了“外有张居正，内有冯保”的格局。朱翊钧对张居正的尊重与信任，表现在日常言辞中，他总是以“元辅张先生”或“张先生”相称，这种尊称在古代中国极为罕见，显示出他对张居正的极高评价。1572年六月，即张居正就任不久，朱翊钧便在平台单独召见张居正，这在明穆宗在位期间从未发生过，此举极大地提升了张居正的政治地位，同时也向朝臣们展示了朱翊钧决心治理国家的态度。