隆庆二年（1568年），王锡爵的弟弟王鼎爵亦在科举中取得佳绩，中会试第五名，廷试赐进士第九名，进一步彰显了王家的学识与荣耀。
到了隆庆三年（1569年），王锡爵被任命为南京国子监司业，负责管理南方的最高学府，显示了朝廷对他的信任与器重。次年，他调任北京国子监司业，不久即升任右春坊右中允，成为皇太子身边的顾问，其地位与影响力进一步提升。
然而，隆庆五年（1571年），王锡爵在朝中遭遇了挑战。首辅高拱意图削弱翰林院的独立性，提出将午门内的史馆迁出，王锡爵坚决反对，维护了史馆的尊严与独立性，但这也触怒了高拱。随后，高拱欲安排王锡爵主持武会试，王锡爵拒绝了这一安排，加之在太子读书事宜上，王锡爵与高拱的意见相左，导致高拱对王锡爵产生了强烈的不满。结果，王锡爵被调离京师，以右谕德的身份被贬到南京翰林院掌管翰林事务。
隆庆六年（1572年），穆宗驾崩，万历帝继位，王锡爵的命运迎来转折。新帝登基后，他被召回京城，担任穆宗实录的副总裁，负责编纂先帝的历史记录，这一职务不仅是对王锡爵学识的认可，也是对其政治地位的恢复。同年，王锡爵的父亲被封为奉直大夫右春坊右谕德，母亲与妻子也分别获得了太宜人与宜人的封号，家族荣耀达到了新的高度。
三、万历时期
万历元年至万历三十五年，是王锡爵政治生涯最为辉煌的阶段，也是他面临诸多挑战与争议的时期。万历元年（1573年），王锡爵掌管右春坊事务，八月，他主持顺天乡试，选拔了一批优秀人才，对文章出色的落榜考生给予鼓励，展现了其重视人才的一面。
万历二年（1574年），王锡爵担任会试同考官，参与国家选拔英才的重任。同年，《穆宗实录》编纂完成，他因此升为侍讲学士，加四品服色，并在八月晋升为国子监祭酒。然而，家庭的悲喜交织，女儿王桂订婚于徐景韶，却因未婚夫去世而未嫁守节。
万历三年（1575年），王锡爵在国子监推行积分法，旨在整顿学风，提高教育质量，特别资助贫寒子弟，体现了他关注教育公平的理念。
万历四年（1576年），王锡爵升任詹事府少詹事，后充任《世宗实录》副总裁官，成功在限期内完成编纂工作，展示了其高效的组织能力和深厚的学问功底。