然而，神宗的承诺并未立即转化为行动，反而引起了朝中大臣的极大忧虑。他们担心郑氏的野心会破坏国家的根本——“国本”，即皇位继承的稳定性和合法性。朝臣们接连上书，呼吁神宗遵循祖制，立长子朱常洛为太子。这些奏折数量之多，言辞之激烈，前所未有，矛头直指郑皇贵妃及其背后的势力。
神宗对于这些奏请采取了拖延战术，继续宠爱郑氏，这进一步激化了朝野之间的矛盾。直到万历二十九年（1601年），在内外压力的共同作用下，神宗终于做出妥协，立朱常洛为太子，同时分别册封朱常洵、朱常浩、朱常润、朱常瀛为福王、瑞王、惠王、桂王，以此暂时平息了“国本之争”。
然而，“国本之争”的余波并未就此消散。万历三十一年（1603年）至万历四十一年（1613年）间，关于更换太子和郑氏及福王的阴谋论不断，导致了多次大规模的政治清洗，许多官员因此被罢官、解职甚至遭到更严重的惩罚。这些事件不仅加深了朝廷的分裂，也为东林党人提供了攻击政敌的机会，加剧了晚明的政治动荡。
在这场漫长的政治斗争中，朱常洛的母亲王氏的命运同样令人唏嘘。她被遗忘在深宫，终日以泪洗面，双目失明，最终孤独离世。即便在去世后，她也未能得到应有的尊重，神宗最初甚至拒绝给予她厚葬，直至朝臣一再进言，才勉强追谥为皇贵妃。
三、梃击之案
“梃击案”是晚明时期一起震惊朝野的重大事件，发生在万历四十三年（1615年）五月，正值“国本之争”余波未平之时。一名名叫张差的男子，手持枣木棍闯入太子朱常洛居住的慈庆宫，暴力行凶，伤及多名守门官员，直至被内官韩本用制服，才得以制止。此事件迅速在朝中引起轩然大波，不仅因为太子的安全受到威胁，更因为张差供认其行为背后有郑贵妃的手下宦官庞保、刘成的指使。
郑贵妃为避免牵连到自己和心腹，急忙向皇帝哭诉，试图减轻庞保和刘成的责任。然而，太子朱常洛遇险的消息激起了朝臣们的广泛讨论和担忧，他们纷纷要求彻查此案，追究幕后真凶。在这种情况下，神宗皇帝面临巨大压力，不得不寻求太子的谅解，以平息事态。在郑贵妃向太子跪拜求饶后，太子表示宽恕，避免了事态的进一步升级。