朱翊钧驾崩后，朱常洛即位，即明光宗。但光宗即位仅四日便患病，此时宫中谣言四起，指责郑贵妃进献美女和指使太医崔文升使用不当药物，导致光宗病情加重。杨涟闻讯，迅速行动，联合朝臣要求郑贵妃移宫，远离光宗，同时弹劾崔文升。他上疏言辞犀利，直指郑贵妃的野心，虽面临被处以廷杖的风险，但他毫不畏惧，誓死维护国家利益。
在光宗的支持下，杨涟成功驱逐了崔文升，阻止了郑贵妃封后，甚至被任命为顾命大臣。然而，光宗驾崩后，李选侍企图挟持皇长子朱由校，以控制朝政。杨涟再次挺身而出，不顾个人安危，率领众臣闯入乾清宫，成功将朱由校护送出宫，挫败了李选侍的计划。经过一番激烈的斗争，朱由校顺利登基，即明熹宗。
三、专劾魏阉
明熹宗朱由校即位后，东林党期待的革新并未到来，反而迎来了更为黑暗的政治局面。宦官魏忠贤与熹宗乳母客氏联手，控制朝政，形成所谓的“阉党”，肆无忌惮地打击异己，尤其是东林党人。面对国家的危机和个人的安危，杨涟选择了一条荆棘密布的道路——挺身而出，揭露魏忠贤的罪行。
天启四年（1624年），杨涟决定以一纸奏疏，彻底揭露魏忠贤的真面目。他精心准备了一份详列魏忠贤二十四条罪状的奏疏，包括迫害先帝旧臣、干预朝政、逼死宫中贤妃、滥用东厂权力等严重罪行。这份奏疏直指魏忠贤专权的危害，指出宫内外只知有魏忠贤，而不知有皇帝，严重损害了皇权和国家的尊严。
杨涟原本计划在早朝时当面呈递奏疏，以增加冲击力，但当日恰逢免朝，他担心拖延可能导致信息泄露，遂决定立即通过会极门递呈。奏疏内容震撼朝野，但魏忠贤的反应极为迅速，他利用熹宗的无知和依赖，迅速在熹宗面前哭诉，扭曲事实，混淆是非，使得熹宗无法辨别真相，反而对魏忠贤加以安慰，对杨涟发出严厉谴责。
魏忠贤对杨涟的反击是致命的。他先是利用熹宗的信任，矫旨指责杨涟“大不敬”、“无人臣礼”，最终将杨涟革职为民。这标志着杨涟与魏忠贤之间的斗争进入了白热化阶段，也预示着杨涟即将面临的巨大危险。