尽管如此，叶向高并未放弃。不久后，他因政绩突出被提拔为南京礼部右侍郎，随后又改任吏部右侍郎。在新的职位上，他再次陈述矿税给国家带来的深重危害，并特别请求罢免辽东税监高淮，言辞恳切，表达了对民生疾苦的深切关怀。然而，由于朝中复杂的政治斗争和利益纠葛，叶向高的这些建议依然未能得到采纳。
与此同时，妖书案的兴起更是加剧了朝野的动荡。在这关键时刻，叶向高展现了他的远见卓识和忠贞不渝。他写信给内阁大学士沈一贯，极力规劝其冷静处理妖书案，避免扩大打击面，祸及无辜。然而，沈一贯对此并不领情，反而因此对叶向高心生不满，导致叶向高在南京任职的九年里一直未能得到应有的晋升。
三、唯一宰辅
叶向高在万历三十五年（1607年）被提拔为礼部尚书兼东阁大学士，成为内阁成员之一，这标志着他政治生涯的重大转折。当时，沈一贯已被罢免，朱赓独揽大权，明神宗决定增补阁臣，叶向高与王锡爵、于慎行、李廷机一同获此殊荣。然而，命运似乎有意考验叶向高，于慎行不久便去世，王锡爵坚决辞官，而朱赓也在万历三十六年（1608年）离世，李廷机则因舆论压力长期避世，于是叶向高成了唯一在位的辅臣，肩负起内阁首辅的重任。
明神宗在位后期，怠政现象严重，他长期不上朝，导致国家大事积压，官僚体系运转不畅，许多重要职位空缺，任命官员的敕令也无法正常下达。叶向高面对如此局面，深感忧虑，他以国家利益为重，积极应对朝政混乱的局面。他多次向神宗提出建议，希望皇帝能够更加勤政，但神宗虽然表面尊重叶向高，实际上对他的谏议采取的态度却是阳奉阴违，十条意见中往往只采纳二、三条。
太子讲学的中断是当时朝野关注的焦点问题，叶向高多次上书请求恢复太子的学业，但神宗始终不予理会。太子母王贵妃去世后，其丧礼的拖延更凸显了朝政的紊乱，叶向高几番争取才使得丧礼得以顺利进行。福王（即朱常洵，郑贵妃之子）的封国问题更是棘手，叶向高多次请求福王回封国，但神宗先是推迟日期，后又提出福王必须拥有四万顷庄田的苛刻条件，这不仅违背了祖制，也引发了朝臣的不安。
叶向高深知福王留京对太子地位的潜在威胁，因此他上疏力争，指出若福王不及时回封国，将有损皇室信誉，且会重蹈明世宗时景王未归封国的覆辙，当时裕王（即后来的明穆宗）处境险恶。面对神宗的辩解，叶向高强调了太子与神宗之间情感沟通的重要性，呼吁神宗坚守诺言，确保福王按时归藩，以安民心。