朱载坖现在最担心的就是这些寺院和白莲教有什么瓜葛。
僧尼巧借佛教经忏仪式，暗中宣讲白莲教，煽惑男女沉迷其中，混杂一处，奸淫纵乐。因为太祖本人就是借助白莲教起义的，深知其中危害，立国后将其列为邪教，予以严厉打击。但白莲教及其他教派活动并未因打击禁止而销声匿迹，反而成为大明最为严重的社会问题之一。
这些教派经验丰富，隐藏极深， 借助佛教与民间信仰，将其仪式与思想融入其中，在满足民众精神需求时宣传教 义。白莲教根据民间信众的社会现实需求产生了异化，其组织一般不用白莲’称号，而是另立支派，另起教名。
尤其是随着倭寇的大举袭扰，大量的百姓流离失所，更给了白莲教生存的温床。白莲教等趁此吸收教徒，扩大势力。一些白莲教徒混入佛门，趁机招引民众入教。
之前苏州知府林懋举就曾经上疏谈论过此事，他认为：此辈游食天下，奸盗诈伪，靡所不为， 使不早为处置，大则啸聚山林谋为不轨，小则兴造妖言扇惑人心，为患非细。今苏州等处，累获强盗多系僧人，乞敕所司禁约。
但是彼时朝廷忙于对付倭寇，根本无力来管这些事情，林懋举的上疏也就如同泥牛入海。
苏松等处的寺院之多，也是超乎朱载坖想象了，虽然嘉靖一向崇道抑佛，但是在东南，崇佛风气甚重。
本来按照大明规定，凡寺观庵院除见在处所外不得私自创建增置，设立寺院是要经过朝廷批准的，但是眼下的东南早就把朝廷禁令当成一纸空文了，江浙的佛寺数量最多，两处的佛寺数量相加几可占全国佛寺总数的四成。
而苏州更是重灾区，苏州崇向释教，广殿邃庑，金碧辉映，无处无之，朝廷的法度根本无人遵守。
寺院要想取得合法地位，唯一途径是有朝廷赐额，此即拥有了特许保护，否则不管是新建、 重建、重修皆视为私建，要受惩处。
而现今，据锦衣卫的查访，苏州、松江、杭州、嘉兴、湖州，常州六府，现在寺院483座，而朝廷的赐额是24座，也就是说，只有二十分之一的寺院是合法的，剩余的都是非法的。
这些在寺院的和尚，一样也不老实，僧尼们利欲熏心，人生目标不再是修行，转为纵乐享受， 沉迷于物质欲望，佛性全无，与世俗之人一样。有些僧尼为金钱所诱，陷入贪财的欲望之中，甚至不惜谋财害命。
同时为了谋求朝廷的支持，这些和尚还能士大夫们交往，僧俗混杂致使僧人不能安心于宗教修行，或是有假冒僧人之人 到处招摇行骗，时常引发败坏宗教行为之事。而且和尚们借与士大夫们交往，干涉俗世，甚至干涉政治，这是被历代皇帝所警惕的。
太祖就相继颁布《申明佛教榜册》《趋避条例》，希望能有所禁止。成祖即位再次整顿佛教时，亦声明严禁僧俗混杂居住，但是到了现在，这些法令早就成了废纸。
和尚们和士大夫交往公开且不受限制，结交朝廷势力，与士大夫交好，宣扬佛法，士大夫与当地名僧关系也渐密， 他们经常品茶赏景、谈佛讲禅。