在菩提伽耶的史册上还有着这样的记载：当年回教徒侵入印度时，为了保护圣地不受摧残，佛弟子们将整个寺庙都埋藏了起来，只有大塔的第九层尚露在外面。要把这么高、这么多的建筑全部埋起来，推成个小山丘，绝非一件简单容易的事，足可见当年佛弟子们的苦心和诚敬。
一直到600年以后，英国的考古学家根据《大唐西域记》里的记载，才把菩提塔和金刚座完全的挖掘出来，让寺庙重见了天日，也才有了今天我们后人见到的菩提伽耶的尊容。
菩提伽耶先有了菩提树，才有了佛的顿悟，也就有了寺庙的纪念。昔日释迦牟尼打坐静思的方寸之地，如今已成为全球佛教徒心目中的朝拜圣地。
二、主要遗迹
昔日，释迦牟尼打坐静思的方寸之地，如今已发展成为着名佛教圣地和旅游胜地。菩提迦耶主要遗迹包括大觉塔也称摩诃菩提佛寺、菩提树、金刚座等，是1861英国考古学家亚历山大·康宁汉挖掘出来，于1870年修复。
1、大觉塔
又称大觉寺、大菩提寺、摩诃菩提僧伽耶（梵Mahābodhi -samghārāma ）。即位于菩提树北之精舍。主体是一座下方上尖的佛塔，质地为硬质砂岩，塔高50米。底层是边长15米的方形，从中部开始，层层上缩，顶部为圆柱状，上立一铜制螺旋圆顶。塔身第一层四角有四个小塔，形似主塔，呼应而立。塔上供有形态各异的佛像。寺内供有释迦牟尼金身佛像一座，法相庄严，光彩照人。散发出令人无法逼视的光芒。
其始建年代有二说，或谓二世纪，或谓四世纪。五世纪初，法显入天竺巡礼时此地已有此塔，附近另有三座伽蓝，其时之住僧以持律精严着称。六世纪中叶，唯识大论师护法离开那烂陀寺后，一度栖隐于此，撰述《唯识三十颂》之释文。玄奘西游印度时，对此塔及塔附近之其他遗迹皆详加记载。另据《法苑珠林》卷二十九载，于唐贞观十九年（645），黄水县令王玄策曾至此，并于塔西立碑。现存之大塔系十二、三世纪间之缅甸国王所修造者，塔高五十二公尺，外观九层，内部实仅两层，四面刻有佛像佛龛，雕镂精致庄严。十三世纪时，因避回教徒之摧残，佛教徒遂将大塔掩埋，形成一土丘，湮没数百年，直至一八八一年始由英国考古学者康林罕（A. Cunningham）重新掘出，举世震惊，每年朝圣之佛教徒不计其数，然今主权仍归印度教徒所有。