阁臣徐阶邀他在灵济宫，主会来京觐见天子的官员350人，讲学3日，又邀他与会试举人700人讲学3日，两次轰动京城。三公以下，望风请业，颜钧机辨响疾，问难四起，出片语立解，往往于眉睫间得之。颜钧虽然以研究宣传自己的“大中学”，救治人心为主，但对具体的社会问题也十分关心。孝感人程学颜会试落第，因罗汝芳的推荐，从学于颜钧。颜钧以“知兵法”的“异人”身份受到总督胡宗宪的礼聘，与程学颜同往宁波总督府，参与“征剿海寇”的军事活动，舟山一战，倒溺千百倭寇于海，受到表彰，他留下次子参军，自己继续在大江南北讲学。
颜钧十分关心民众疾苦，上书抨击时弊，提出自己的救世良方，例如，其《耕樵问答·急救溺世方》云：“今天下四十余年，上下征利，交肆捕激。刑罚灭法，溢入苛烈。赋税力役，科竭蔀屋。逐溺邦本，颠覆生业。触变天地。灾异趵突，水旱相仍，达倭长驱，战阵不息。”造成这种满目疮痍的状况，其责任就在朝廷君臣，为了救世，他提出自己的“急急拯救”方案：一、大赉以足民食：诏蠲天下贡赋，三年免征，大苏民困；二、大赦以造民命：随领洗牢，恩赦一切，原恶重狱，均与其生；三、大遂以聚民欲，怨女、旷夫、漂流无告者，富豪士民量力周护，所欲与聚，在人人而得所，所谓匹夫匹妇咸被尧舜之泽；四、大教以遂民性：广搜学德智仁贤能者，均授孔氏心造，衍教四方，丕易人心，暮年归仁而有成，数月悦服而尊亲。
这个救世方案表现了他心系广大下层百姓，以百姓利益为其指归的崇高理想，但在当时的历史条件下，是不可能实现的。由于他把造成民生凋敝的原因指向了当权者，从而必然招致当权者的迫害，他的讲学活动常常为当局所不容。
在扬州买船南归时，被南都提学耿定向派人诱往太平讲学，未有几日，即遭逮捕，解往南京监狱，在狱中受尽折磨。后因查无实据，被强加“盗卖官船”的罪名，罚交“赃银”350两，入狱后三年，罗汝芳全力营救，朝夕伺候并变卖家产，同时发起募捐，在如数缴纳银两后才使得颜钧出狱，发边充戍，入戍才七日，两广总兵俞大猷发牌文敬聘他为军师。
俞大猷与海寇曾一度战于海上，用颜钧计擒之，破广西古田壮族起义军韦银豹等部。颜钧“所献之策，着着皆奇”俞欲授以官，颜钧谢绝，归永新家乡，免除“罪人”身份。年近七旬的颜钧，此后多半在家从事着述工作，逝于永新家中，享年九十三岁。