裴仁基，字德本，蒲州河东县人，隋朝时期将领，北周骠骑大将军裴伯凤之孙，上仪同三司裴定之子。骁勇善战，善于骑射，开皇初年，起家左亲卫，保卫皇宫安全。参加灭亡陈朝、攻打吐谷浑和靺鞨的战争，屡建战功，授光禄大夫。奉命攻打瓦岗军时，受到监察御史萧怀静牵制，被迫投降李密，跟随李密决战王世充，兵败被俘，担任礼部尚书。王世充弑君称帝后，联合宇文儒童等谋刺王世充，事泄被杀。
裴仁基，年少时就很骁勇，善于骑马射箭，担任隋文帝杨坚的侍卫。在隋朝消灭陈朝的战役中，裴仁基冲锋陷阵，因功被授任为仪同，赐缣彩一千段。后来，裴仁基以仪同的身份兼任汉王杨谅王府的侍卫。
隋文帝去世，次子隋炀帝杨广继位，隋文帝第五子汉王杨谅，因不满隋炀帝继位，于是举兵谋反，裴仁基苦苦劝谏杨谅不要谋反，杨谅大怒，把他关进牢里。不久，杨谅谋反失败，隋炀帝夸奖裴仁基，越级提拔他担任护军。
数年之后，裴仁基改任武贲郎将，跟随将军李景在黔安讨伐反叛的蛮贼向思多，因战功升任银青光禄大夫，赐奴婢百人，绢五百匹。裴仁基又在张掖打败吐谷浑，加授金紫光禄大夫，斩杀、俘虏进犯的靺鞨，被授任为左光禄大夫，跟随隋炀帝征讨高丽，升任光禄大夫。
隋炀帝巡幸江都，当时瓦岗寨首领李密占据洛口，朝廷命令裴仁基为河南道讨捕大使，据守虎牢以抵抗李密。荥阳通守张须陀被李密所杀，裴仁基全部接收他的部下，每次与李密作战，都杀死俘虏李密的不少人马。
当时隋朝末年天下大乱，士兵有功也不被记录奖赏，裴仁基见强敌在前，部队疲劳，因此所得的军用物资，全部赏赐给士卒。监军御史萧怀静反对这样做，士卒们都怨恨萧怀静，萧怀静又屡次搜罗裴仁基的过失上奏弹劾他。在洛口仓城之战时，裴仁基误期未到，他听说刘长恭等人被打败，惧怕李密而不敢前进，就屯兵在百花谷，加固营垒自守，但又害怕被朝廷治罪。
李密知道裴仁基进退两难的狼狈处境，就派人劝说他投降，并以厚利来诱惑他，贾闰甫劝裴仁基投降李密，裴仁基说：“萧御史怎么办？”贾闰甫说：“萧君就象栖身在树枝上的鸡，如果他不知道随机应变，就在于您的一刀了。”裴仁基采纳了贾闰甫的建议，派他去向李密请降。李密大喜，任命贾闰甫为元帅府司兵参军，兼任直记室事，派他回去向裴仁基复命，并带给裴仁基书信，对他表示抚慰，接受他的归附。裴仁基退回仍驻军虎牢。萧怀静秘密上表奏报此事，裴仁基知道后，就杀死萧怀静，率领他的部众以虎牢城向李密投降。李密封裴仁基为上柱国、河东郡公，裴仁基的儿子裴行俨骁勇善战，李密也封他为上柱国、绛郡公。