宦官挟持李昂退入内殿后，立即派遣神策军五百人，持刀出东上阁门，逢人即杀，死者六七百人。接着关闭宫城各门搜捕，又杀千余人。李训、王涯、贾餗、舒元舆、王璠、郭行余、罗立言、李孝本、韩约等先后被捕杀。事发时，郑注正率亲兵五百人赴长安，中途知事败，返还凤翔，也被监军杀死。上述诸人都遭族诛，更多的人被牵连而死。经过这次宦官的大屠杀，朝列几乎为之一空。
事变以后，李昂被宦官软禁，国家政事由宦官专权，朝中宰相只是行文书之职而已，宦官气势凌人，威胁天子，藐视宰相，欺凌朝臣有如草芥。文宗对此一筹莫展，只是饮酒求醉，赋诗遣悉。他对当值学士周墀慨叹，自己受制于家奴，境遇不如周赧王、汉献帝，不禁凄然泪下，周墀听了也伏地流涕。当宰相郑覃、李石对宦官们指出李训、郑注也是宦官所引荐，昭义军节度使刘从谏上表为王涯、贾餗鸣冤并斥责仇士良后，仇士良有所忌惮而收敛，文宗君臣也得以行使一些权力。
文宗曾有意立敬宗长子晋王李普为太子，但李普夭折，文宗追封其为悼怀太子，后立自己的长子李永为太子。庄恪太子李永死后，文宗曾立敬宗幼子陈王李成美为太子，但未行册礼就病重了。
李昂抑郁成病，不能下床，便命枢密使刘弘逸、薛季棱叫来宰相杨嗣复、李珏二臣，嘱咐他们辅助太子监国。仇士良、鱼弘志得讯，于当天晚上就伪造遗诏，废太子为陈王，立颍王李炎为皇太弟，负责处理军国大事，并带李炎登上朝堂接见百官，李昂闻知也无可奈何，群臣更是没人敢反对。
文宗皇帝身体不健康，没有接受百官朝贺，史料原文“五年春正月戊寅朔，上不康，不受朝贺。”唐朝惯例，每年元旦皇帝要亲临大殿接受百官朝贺，李昂带着无限的惆怅，崩于长安大明宫太和殿，享年三十一岁，谥号元圣昭献孝皇帝，庙号文宗，葬于章陵。
李昂在位时期，不好女色、勤勉听政、厉行节俭，革除奢靡之风，下令停废许多劳民伤财的事，致力于复兴王朝，在唐朝中后期诸帝中颇为勤政，但他虽能勤勤勉勉、宵衣旰食，但自身缺乏治国的才干，最终也无法消除祸患。