张颢后来意识到严可求一直在帮助徐温，便派刺客夜里去刺杀严可求。严可求自知难免一死，只是请求给府主杨隆演写一封辞别信。刺客见严可求面对利刃毫无惧色，信中又多是忠贞、豪壮之言，因此不忍杀害严可求，他掠取了严家的财物回去复命，称没有找到严可求。张颢虽怒，但也无可奈何，严可求担心张颢再下毒手，建议徐温先发制人，他们联络左监门卫将军钟泰章，密谋诛杀张颢，钟泰章率死士三十人直接冲入军府，杀张颢及其亲信数人于牙堂，此时距杨渥遇弑仅有九日。
徐温在除掉张颢之后，自任左右牙都指挥使，决断军府一切事务，从此独自掌控了吴国军政大权，严可求担任扬州司马，辅佐徐温治理吴国。他们一反张颢当权时“刑狱酷滥，纵亲兵剽掠市里”的乱势，力行善政，“立法度，禁强暴”，使得“军民安之”。当时，严可求主管军事，与主管财赋的支计官骆知祥被徐温倚为左右手，并称“严骆”。
抚州刺史危全讽举兵攻打洪州，严可求建议徐温起用称病在家的大将周本，并亲自到周本家中请其出山，并在周本的要求下给予了其全权的统军权。周本果然在象牙潭之战中大败抚州军，生擒危全讽，吴国由此控制了除虔州外的整个江西镇南军。后来，徐温为彻底据有虔州，又在已改任节度判官的严可求建议下，在距离虔州六百余里的吉州新淦县设立制置使，派驻军卒，每次换防都暗中增加一些兵力，新淦驻军逐渐得到增加，虔州对此毫无察觉。
徐温出镇润州，建立霸府，遥决军国大政，并以长子徐知训在广陵统领朝政，严可求也被徐温留在广陵，辅佐徐知训。但徐知训骄横恣肆，不但凌辱诸将，甚至经常侮弄杨隆演，毫无君臣之礼。宿卫将马谦、李球率部哗变，劫持了杨隆演，以勤王的名义召集库兵讨伐徐知训，徐知训准备逃离广陵，为严可求所劝止。当时，军府人心惶惶，严可求故意关门睡觉，甚至“鼾息闻于外”，成功安抚住军府，大将朱瑾次日率军由润州赶至广陵，击溃乱兵，擒杀李球、马谦，平息了叛乱。