当费迪南德（Ferdinand）在1520年代掌控波希米亚（Bohemian）领土时，其宗教形势相当复杂。
波希米亚的德意志人口由天主教徒和路德教徒组成。
一些捷克人对路德教（Lutheranism）持开放态度，但大多数捷克人信奉领圣参派胡斯主义（Utraquist Hussitism），少数人则信奉罗马天主教（Roman Catholicism）。
其中，许多领圣餐派教徒倾向于与新教徒结盟。
起初，费迪南德接受了这一现状，并给予了波希米亚领地（Bohemian estates）相当大的自由。
然而，到了1540年代，形势发生了变化。
在德意志（Germany），虽然大多数新教诸侯此前支持与皇帝进行谈判，甚至在战争中支持过他，但他们在这一时期变得越来越对抗。
有些甚至与皇帝开战，而许多波希米亚（不论德意志人还是捷克人）新教徒或领圣餐派教徒同情他们的立场。
1547年，费迪南德和他的儿子马克西米利安（Maximilian）参与了查理五世（Charles V）对德意志新教徒的胜利战役。
同年，他还击败了波希米亚的一场新教起义，在这场起义中，波希米亚的领地和大部分贵族拒绝支持他在德意志的战役。
这使他得以加强自己在该地区的权力。
他集中化了行政管理，撤销了许多城市的特权，并没收了财产。
费迪南德还致力于加强天主教会在波希米亚领土上的地位，并支持耶稣会士（Jesuits）在当地的建立。
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在1550年代，费迪南德（Ferdinand）在帝国舞台上取得了一些关键胜利。
与他的兄弟不同，他反对勃兰登堡-库尔姆巴赫的藩侯阿尔布雷希特·阿尔西比亚德斯（Albert Alcibiades, Margrave of Brandenburg-Kulmbach），并参与了对他的击败。
这一失败，再加上费迪南德的德意志风格，使他在新教诸侯中比皇帝更受欢迎。
这让他在解决帝国宗教问题上发挥了关键作用。
在德意志诸邦经过几十年的宗教和政治动荡后，查理五世下令在奥格斯堡（Augsburg）召开一次全国性的帝国议会（Diet），各个邦国将在会上讨论宗教问题及其解决方案。
查理五世本人没有出席会议，而是授权他的弟弟费迪南德来“处理并解决”领土、宗教和地方权力的争端。