在叛乱爆发初期，吴三桂迅速整合云南、贵州的兵力，以其精锐的关宁铁骑为先锋，向东推进。他深知湖南战略地位重要，若能占据湖南，便可北控中原，南制两广，于是倾尽全力攻打湖南。长沙、岳州等重要城池成为双方争夺的焦点。吴三桂亲自指挥叛军围攻岳州，他在城外修筑坚固营寨，挖掘壕沟，阻断清军救援之路。城中清军在都统巴尔布的率领下拼死抵抗，多次击退叛军进攻，但由于兵力悬殊，且补给困难，岳州城岌岌可危。
与此同时，耿精忠在福建起兵后，利用福建沿海的地理优势，派遣水师北上，骚扰浙江沿海地区。他还联合台湾的郑经，约定共同对抗清朝。郑经趁机出兵攻占福建沿海的一些岛屿，并向内陆进军，与耿精忠叛军形成呼应之势。浙江提督塞白理虽奋力抵抗，但难以抵挡叛军的水陆夹击，温州、台州等地相继失守。
尚之信在广东的叛乱则使清朝在南方的统治陷入混乱。他纵兵劫掠，广东百姓苦不堪言。尚可喜在被软禁期间，忧愤交加，不久便去世。尚之信更加肆无忌惮，他与吴三桂、耿精忠相互勾结，妄图在南方建立起自己的割据政权。
二、初期清军的困境与应对
叛乱初期，叛军来势汹汹，由于三藩长期经营，在地方上拥有深厚根基，其军队熟悉当地地形，且装备精良、作战经验丰富。吴三桂叛军主力从云南出发，一路势如破竹，迅速攻占湖南、四川等地，前锋直抵长江南岸，与清军隔江对峙。耿精忠在福建出兵后，连克浙江、江西多座城池，威胁江南富庶地区。尚之信在广东的叛乱也使清朝在南方的统治摇摇欲坠。叛军在各地烧杀抢掠，无恶不作，百姓生活陷入水深火热之中，社会经济遭到严重破坏。