截至2023年，保护区内鸟类种群比较多，分布广已记录到91种14目36科59属；动物有5目10科15种；爬行类2科10种；两栖类类6科10种；鱼类8目13科近38种。
天佛指山一带，鸟类种群比较多、分布广、在森林生态系统中占重要地位，有鸟类89种，隶属于14目36科59属；爬行类、两栖类动物有12种。
保护区内有国家重点保护一级野生动物1种，即紫貂，国家重点保护二级野生动物12种，即黑熊、猞猁、鸳鸯、燕隼、红脚隼、红隼、花尾榛鸡、鹗、鸢、鹊鹞等珍稀鱼类有大麻哈鱼、斑头鱼、日本七鲥鳗3种。
龙井旅游资源丰富，有驰名中外的龙井地名起源池、一松亭、万亩果园、汉王山遗址、大成中学旧址、抗日诗人尹东柱墓、日本间岛总领事馆旧址、龙山朝鲜族民俗村等诸多景点，并开办了赴朝鲜一日游、多日游和长白山观光等旅游活动。
1996年，保护区成立保护区管理局。1997年，保护区管理局在核心区以外区域推行承包责任制，将松茸生长地划块承包给居住在保护区内的农民。承包合同对保护区和承包人的权利、责任和义务做了明确规定：承包人需缴纳承包费用，享有在承包地块采集松茸的权利，并承担护林防火、林地保护的义务。保护区管理局负责承包地块巡护责任，同时向承包人提供技术咨询和政策服务，对违规的承包人，保护区管理局可取消其承包权。承包合同还规定，承包期限为10至15年，充分调动了方方面面的积极性，从而使松茸资源保护与开发工作发生了深刻变化。承包后农民的经济利益与林地安危休戚相关，一有森林火情，农民主动上山协同林业部门扑灭火灾。保护区的工作得到了地方政府的大力支持。保护区将75%的承包费交给地方政府，使他们增加了财政收入。同时，松茸的有序收购又为当地培植涵养了税源。一方面，保护区从承包责任制中获得了可观的收益，这笔经费既解决了保护区管理费用短缺的矛盾，又为松茸的驯化栽培研究、推广科研成果提供了资金保障。另一方面，通过推行承包责任制，保护区成功地将过去的资源破坏者变成了区内管护工作的同盟军，无形中壮大了保护区的管理队伍。