然而，危机远未解除。林宇博士在时空裂隙核心，发现了一颗散发着毁灭气息的“星辰之心”，它是古老宇宙邪恶力量的聚合体，正在疯狂吞噬周围能量，一旦饱和，将引发整个宇宙的星辰裂变，所有星球都将在能量风暴中灰飞烟灭。博士紧急向联盟总部求援，希望能调配更多能量稳定装置，试图压制“星辰之心”。
艾丽行动队虽摧毁了信号发射场，但发现操控原住民的还有备份系统，且隐藏更深。他们在堡垒废墟中继续搜索，与不断涌出的机械傀儡和陷阱斗智斗勇，队员们伤痕累累，却毫不退缩。
杰克船长这边，幽灵舰队虽遭受重创，但剩余力量孤注一掷，发动疯狂反扑，祭出一种能干扰联盟舰队能量护盾的神秘武器，战场局势再度陷入胶着。
联盟总部倾尽所有，将大量能量稳定装置运往时空裂隙。林宇博士带领众人争分夺秒安装调试，可“星辰之心”的反抗愈发剧烈，能量冲击震得众人站立不稳。关键时刻，艾丽行动队传来捷报，他们成功找到并摧毁备份操控系统，受控制的原住民恢复正常，还纷纷组织力量前来支援。原住民们带来了独特的能量协调技术，与联盟技术融合，大大增强了稳定装置的效力。
杰克船长这边，利用原住民提供的干扰破解技术，重新校准护盾，再次发起冲锋。在两面夹击下，幽灵舰队终于全军覆没。
最终，在各方齐心协力下，“星辰之心”被成功封印，时空裂隙缓缓闭合。经此一役，联盟伤痕累累却浴火重生。
林宇博士的科研成果再次突破，掌握了更高级的维度操控与能量平衡技术；艾丽和她的行动队成为守护正义的楷模，与各族建立深厚情谊；杰克船长的舰队威名远播，为联盟开拓出更安全的疆界。联盟在废墟上重建，踏上全新的重生之路，向着星辰大海，继续追逐和平与繁荣的曙光，续写着永不落幕的传奇。