历经“星辰之心”一劫，宇宙仿若大病初愈，在联盟的悉心维护下，逐渐恢复往昔生机。星际间，新的联盟学院拔地而起，不同种族的年轻一代汇聚于此，研习前沿科技、战术兵法，憧憬着为宇宙和平添砖加瓦。繁华之下，却有新的混沌因子悄然滋生。
林宇博士受联盟委托，主导一项史无前例的“星际生态重塑计划”，旨在修复那些被战争与古老灾祸破坏的星球生态，构建更为稳定、多元的宇宙环境。
在对一颗被神秘辐射笼罩千年的废弃星球勘测时，博士团队发现土壤样本中存在异常活跃的纳米机械虫。这些微小机械虫不断吞噬、分解周围物质，还能依据环境变化自我进化、重组，形成复杂精密的机械结构，似乎是某个失落文明的造物，但其失控的繁衍正威胁着整个星球生态复苏。
艾丽退役后投身教育，在联盟学院担任教官，将实战经验倾囊相授。然而，学院近来频发怪事，一些成绩优异、心怀壮志的学员莫名失踪，没有留下任何踪迹或线索。艾丽凭借敏锐直觉，暗中展开调查，竟发现失踪学员的脑电波频率曾在失踪前夕出现异常同步现象，仿佛被某种外部力量牵引操控。顺着微弱信号追踪，线索指向了一片被列为禁区的黑暗星云，那里电磁紊乱、引力诡异，传说藏着能颠覆认知的宇宙秘密。
杰克船长则率领舰队执行例行巡逻任务，巡航至偏远星系时，遭遇一种全新的太空异象——“时空旋涡群”。这些旋涡如同宇宙的巨口，无情吞噬着途经的一切，连光线都无法逃逸。更令人诧异的是，旋涡内部不时闪烁出奇异光芒，仿若隐藏着另一个维度的世界。舰队小心翼翼地绕道而行，却发现漩涡群正缓慢移动，且方向直指联盟核心区域，一旦相撞，后果不堪设想。
联盟紧急召开最高峰会，综合各方情报后判断，这一系列危机背后或许存在某种关联性，极有可能是某个蛰伏已久、妄图重塑宇宙秩序的隐秘势力在暗中作祟。为防患未然，联盟决定再次集结精英力量组成“破晓远征军”：林宇博士暂停生态计划，带领科研精锐深入纳米机械虫肆虐的星球，探寻遏制之法并追溯起源；艾丽挑选学院中最出色的学员，组成“星锐行动队”，勇闯黑暗星云，解救失踪学员并揭开背后阴谋；杰克船长则率舰队协同顶尖科学家，借助最新研发的“时空扰频器”，尝试改变“时空旋涡群”的移动轨迹，守护联盟家园。
林宇博士踏入机械虫横行的星球，放眼望去，满目疮痍，大地被啃噬出无数深坑，山脉在机械结构的挤压下摇摇欲坠。博士团队迅速搭建临时实验室，利用先进的量子显微镜观测机械虫行为模式。他们发现，机械虫的进化指令源于一种古老的量子加密信号，破解信号或许就能掌控这些失控的“微型大军”。但信号源深埋地下，周围布满机械虫构建的防御迷宫。博士等人穿上特制防护服，手持能量切割器，边抵御虫群边向地下进发。途中，机械虫不断合体进化，变身成巨大的机械猛兽，向他们扑来。凭借对机械原理的精通，博士指挥团队巧妙拆解猛兽关节，逐步深入。