艾丽带领星锐行动队踏入黑暗星云，立刻被紊乱的电磁风暴冲击，通讯中断、导航失灵。队员们凭借扎实的基本功，在黑暗中摸索前行，依靠彼此间的默契和微弱的视觉感知保持队形。深入星云后，他们发现了一座漂浮的神秘空间站，空间站外表破旧，却散发着幽森的蓝光。靠近时，空间站自动开启防御机制，激光炮塔林立，电磁屏障环绕。艾丽果断下令，利用行动队的机动性分散炮塔注意力，同时派擅长技术的学员寻找电磁屏障破绽。一番激战后，他们成功突破防御，进入空间站内部，只见失踪学员昏迷不醒地躺在一排排营养舱内，脑电波连接着中央主控电脑。正当他们准备解救学员时，空间站警报大作，隐藏在暗处的机械卫士蜂拥而出。
杰克船长的舰队面对“时空旋涡群”，起初尝试用常规动力逃离，却发现越远离越受其引力牵扯。无奈之下，启用“时空扰频器”，向漩涡群发射特制的能量波，干扰其时空结构。起初效果甚微，旋涡群依旧缓慢逼近。随着科学家不断调整扰频器参数，舰队发现旋涡内部光芒闪烁频率改变，推测能量波起了作用。为加快进程，舰队冒险靠近漩涡群边缘，近距离发射扰频器，不顾被漩涡吞噬的风险。终于，旋涡群移动轨迹出现明显偏移，逐渐远离联盟核心。
但危机一波未平一波又起。林宇博士团队虽接近信号源，却触发了星球上更高级的防御机制——机械虫召唤出“天空之城”，一座由机械结构悬浮而成的巨型要塞，对博士等人展开狂轰滥炸。艾丽这边，解救学员后，发现主控电脑储存着一份惊世骇俗的宇宙蓝图，上面标记着联盟所有星球的“弱点”，似乎是某个势力妄图统治宇宙的前期准备。杰克船长舰队刚松口气，又发现“时空旋涡群”虽偏离主航道，但在偏远星系引发了连锁反应，造成多个星球气候剧变、生态失衡。
面对重重困境，联盟上下齐心。林宇博士利用星球上现有的资源，结合机械虫原理，制造出简易的“反制飞行器”，与“天空之城”周旋，争取时间破解信号；艾丽迅速将蓝图信息传回联盟，联盟紧急启动星球防御升级计划；杰克船长留下部分舰队监测漩涡群，自己则率主力奔赴受灾星球救援。
最终，林宇博士成功破解量子加密信号，关停机械虫，还将其改造为生态修复的得力助手；艾丽行动队捣毁神秘空间站，带回学员，为联盟提供关键情报；杰克船长帮助受灾星球稳定局势。经此一役，联盟跨越混沌，迎来新的破晓。年轻一代茁壮成长，接过守护宇宙的重任；科技持续进步，为未来征途夯实基础；联盟的凝聚力愈发强大，向着永恒的星辰大海，无畏前行，续写传奇史诗。