正当贵州风云变化之际，彩云之南也在发生着一场异常激烈的政权之争。
云南，自古以来就是中国在西南地区最为重要的一个省份，因为它控扼西南边陲、交通缅甸、交趾等东南亚国家，是为战略要地，特别是在当此南明之时，云南更是成为抗清的西南大本营之一，也是由于云南异常重要的地位，所以孙稷侠选择了先行平定云南，再回头来安定贵州的战略抉择。
而要解决云南问题，就不得不跟一个家族打交道----沐家
沐家自沐英镇守云南开始，已历经两百余年，其家族历史几乎等同于明朝的国祚，成为真正与国同休的明朝政治家族。崇祯元年，年仅十岁的沐天波继任当代黔国公，成为了沐家第十一代家主，沐天波生性纯良，忠于明朝。
在崇祯、弘光两任皇帝相继兵败亡国后，云南武定土司吾必奎于弘光元年九月趁机发动叛乱，沐天波急忙下令调集石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、蒙自土司沙定洲等部平叛，并于九月间一举击败叛军，此次叛乱虽然在短时间内平定，但随后又衍生出了新的叛乱。
蒙自土司首领沙定洲是王弄土司沙源的儿子，阿迷州土司普名声在反叛明朝的战争中死去后，其妻万氏带领部众改嫁沙源，成为了沙定洲的母亲，从此两土司合二为一，势力大增，沙定洲和其母万氏开始了窥伺云南、谋夺政权之心。
武定土司吾必奎的叛乱正好给了沙定洲机会，于是，沙定洲统率的土司军在吾必奎叛乱已经平息后，仍滞留于省会昆明。沐天波因定洲之父沙源一贯表现忠贞，不疑有他，在黔国公府内多次设宴招待，沙定洲都虚与委蛇。
沐家经营云南两百余年，府库内积累了海量的财富，而这些财富使得沙定洲垂涎欲滴，更让他燥热难当的是昆明守备力量单薄，仅有四千余兵马镇守昆明城，而他的土司兵足有两万余人驻扎在昆明城外大营，这些外在条件的成熟使他更加坚定了谋夺昆明的心思。
弘光元年十二月初一，沙定洲部署已定，以告辞为名，亲自选派一千精锐土司兵潜入昆明城内，随后沙定洲率领这一千士卒攻入黔国公府，同时分派部众占领省城各门，昆明城外的土司兵应声发动叛乱响应城内，驻防昆明的四千兵马仓促之下，全部成了沙定洲的俘虏，昆明城和黔国公府都成了沙定洲的战利品。
占领昆明城后，沙定洲自称“总府”，并派兵追拿沐天波，还发兵收取云南各地，在不长时间里控制了楚雄以西所有地区，大大小小的土司也都归附了沙氏，完成了其从蒙自土司到云南王的逆袭，气焰一时甚嚣尘上。
而黔国公沐天波则在几名心腹卫士保护下带着官印、世袭铁券等物仓皇逃往西宁，途中由龙在田、禄永命保护来到楚雄，这里有金沧兵备道杨畏知镇守，随后杨畏知在楚雄城下击败了沙定洲的五千追兵，沐天波才得以安顿下来。
沐天波逃到楚雄府以后，对沙定洲恨之入骨，沐家两百余年积累的财富和权势在他手里毁于一旦，这让沐天波悔恨不已，每天都想着反攻昆明城，但奈何杨畏知的四千兵力镇守楚雄有余，要反攻现在已经拥兵五万的沙定洲却是不足，因此局势一时僵持，谁也奈何不了谁，也就是在此时，幕府司马黄思勉派出的信使兜兜转转到了楚雄。