后来，祖逖又听说王敦要造反，知道自己收复中原的大业完不成了，气得生了病，没多久就死了。他的弟弟祖约接替了他的位置。刘琨呢，一开始是并州刺史，后来石勒攻破乐平，并州人心惶惶，都投降了石勒。刘琨跑到段匹磾那里，最后又被段匹磾给杀了。
王敦呢，早就想造反了，因为忌惮祖逖，一直没敢动手。等到祖逖一死，他立马就反了，还罗列了刘隗、刁协的罪状。湘州刺史谯王司马丞、梁州刺史甘卓起兵讨伐王敦。王敦派魏乂去攻打长沙，长沙城防不坚固，粮食也不足，人心惶惶。有人劝谯王司马丞逃跑，司马丞不同意，坚守城池。
王敦啊，是王导的堂兄。刘隗、刁协劝司马睿把王氏一族都杀了，周顗上书极力营救王氏，没有给王导说这事儿，王导因此对自己的好朋友周顗不救自己心生怨恨。司马睿让王导当前锋大都督去讨伐王敦。王敦叹了口气说：“我再也不能做高尚的事情了。”司马睿派刁协、刘隗、戴渊带兵去攻打王敦，结果被王敦打败了。刁协被杀，刘隗逃到后赵去了。司马睿让百官去石头城见王敦，封王敦为丞相，都督中外诸军事。王敦想杀周顗和戴渊，问王导的意见，王导不回答，王敦就把周顗和戴渊给杀了。后来王导在中书省看到周顗上书的奏章，拿着奏章流着泪说：“我虽然没有直接杀伯仁（周顗的字），但伯仁却因我而死，在阴间，我对不起这位好朋友啊！”王敦呢，居然不朝见天子，直接回武昌去了，还起兵攻陷了长沙，杀了谯王司马丞。还让襄阳太守周虑暗杀甘卓，四方进贡的好东西，大多都进了他的腰包。朝廷的将相大臣们，几乎都是他的门生故吏。
元帝呢，是又气又急，病就这么给气出来了，在位六年，就这么驾崩了。太子司马绍继位，这就是肃宗明帝。明帝可是个仁慈的君主，文采飞扬，武艺也不错，喜欢贤才，能接受别人的劝谏，聪明敏锐，有决断力。当初他还是太子的时候，王敦就忌惮他，想废了他，亏得温峤阻拦，才没成功。现在王敦又琢磨着要篡位了，他弟弟王彬苦苦相劝，王敦却变了脸，瞪着眼珠子，要杀王彬。王彬正色道：“你当年杀兄长，如今又要杀弟弟吗？”王敦这才罢了手。