道子呢，又用重利诱惑桓玄和杨佺期，让他们去讨伐殷仲堪。桓玄和杨佺期虽然表面上接受朝廷的命令，但考虑到殷仲堪的兵力，不得不跟他联手，还联名上书，说殷仲堪是无辜的。最后，朝廷没办法，只好让桓玄当江州刺史，殷仲堪继续当荆州刺史，让他们都撤军。
可殷仲堪怕桓玄太嚣张，就跟杨佺期联姻，想互相照应。结果桓玄带兵杀了殷仲堪，和杨佺期一起占领了荆、雍二州，还要求当荆、雍、江三州的牧守。朝廷啊，那是没办法，只好答应了他。
朝廷让会稽世子元显当上了扬州刺史，这家伙，性格苛刻，杀个人跟玩儿似的。
这时候，有个叫孙恩的，瞅准时机，带着一群小弟从海岛上杀了出来，攻陷了会稽，把内史王凝之都给杀了，还自称征东将军。他上书朝廷，说会稽王道子和世子元显的坏话，要求朝廷把他们给宰了。这一来，朝廷内外那是严阵以待啊。
朝廷呢，给道子加了黄钺，让元显领中军，还派了徐州刺史谢琰去讨伐孙恩。刘牢之也不甘落后，带着兵就去了，连表都没上，直接就开打了。谢琰和刘牢之那是越打越猛，战无不胜啊。
这里得提一下刘裕，这家伙，小时候家里穷，靠卖鞋为生，还喜欢赌博，被乡亲们看不起。但人家有勇有谋，刘牢之打孙恩的时候，就把他拉来当参军，让他带几十个人去侦察敌情。结果，刘裕遇上了几千人，二话不说就开打，身边的人全死了，他自己也掉到了岸下。敌人围上来想抓他，刘裕一咬牙，挥起长刀就砍，一连杀了几个，这才爬上岸。他大喊一声，追着敌人跑，敌人那是吓得屁滚尿流，刘裕杀了不少人。
刘敬宣一看刘裕好久没回来，就带着兵去找他。一看，刘裕一个人追着几千人跑，大家都惊呆了。他们一起冲上去，把敌人打了个落花流水，杀了上千人。孙恩一看形势不妙，带着两千多男女逃回了海岛。
朝廷一看谢琰挺能打，就让他当会稽太守。可这家伙，当了太守就不管武备了。孙恩一看机会又来了，又攻打会稽，谢琰被打败，死了。孙恩又转攻临海，朝廷那是大惊失色，派兵去打，结果没打赢。这时候，刘裕出场了，他当上了下邳太守，去郁州打孙恩，打了个大败仗。孙恩又攻临海，被太守景辛给打败了。孙恩带着抢来的三吴男女逃跑，结果死的差不多了，他自己也跳海自杀了。他的小弟们也跟着跳海，被称为水仙。剩下几千人，推举孙恩的妹夫卢循当头儿。