刘裕于建康闻，便与公卿商议伐秦。左将军刘穆之等随裕起事反桓玄诸大臣，自然赞成。大司马琅琊王司马德文与太宰武陵王司马遵欲不许，德文道：“国家甫平荆州，民生疲惫，且秦主姚兴新死，‘礼不伐丧’，……”
裕打断道：“姚兴新亡，虽道‘礼不伐丧’，然姚氏本国家所封，姚襄反复，其弟姚苌，遂乘苻坚败于淝水，而窃有关中，传位兴以来，历来不服王化。昔年伐慕容超，兴竟以兵出洛阳相胁！是而可忍，孰不可忍？今叛臣休之及鲁宗之在秦，日夜窥伺，而兴子姚泓新立，主少国疑，诸侯不服，正可以乘隙也！天予不取，反受其祸，岂可错失良机哉？”
于是晋廷决议伐秦，以太尉刘裕为元帅，都督南徐、南兖及荆、豫诸州兵，定期明年夏水涨出师。裕遂与刘穆之议定，仍与西征荆州时一般，以穆之留守，主持太尉留府事，监视朝廷，为前方输送粮草。
裕又与穆之议诸路将帅。穆之道：“北府诸将檀道济、傅弘之，及吴兴沈田子、林子兄弟，皆可为将帅。王镇恶王猛之孙，出自关中，有勇有谋，今伐秦，实先锋将不二之选！”
裕道：“亡族舅渭阳公嗣子长沙太守萧副子，于长沙城受迫于诸大族不得迎王师，而渭阳公亡故之际，强忍悲痛，秘不发丧，果断夜开城门迎入王师，亦可谓有勇有谋哉！且平卢、徐之际，副子率兵出巴陵江上，阻徐道覆西上江陵，亦是一功。渭阳公唯此一子，其兄颖士公之子乐子，死于苻坚南侵之役，今北伐光复中原，实吾二族舅在天之灵所盼！副子可为一军副帅。”
于是二人议定，东路主力以王镇恶率万人为先锋，沈林子率五千人为其副，自彭城乘舟入泗水，溯流入汴渠，入黄河，向潼关；以檀道济为后继，率二万人随后。偏师以沈田子率四千人为帅，以傅弘之率太尉府中兵精锐千人，萧副子率长沙郡兵二千人，为田子军副，与王、檀共取洛阳之后，则兵出陕城向武关为南路。刘裕则自率大军十万，坐镇彭城，督促粮草，且继东路之后。