裴度因伤请假二十余日后，宪宗下诏派卫兵夜守裴度私宅，内宫使臣接连前往慰问。裴度伤愈后，李纯召他入宫对话，任命他为中书侍郎、同平章事。裴度向李纯进言：“淮西是腹心之疾，不得不除；且朝廷已经讨伐，两河藩镇跋扈者将视此为高下，不可中途而废。”宪宗与裴度在削藩见解上完全一致，继续坚定推进削藩政策。
唐宪宗曾询问群臣讨伐吴元济是否妥当。多数朝臣认为还是罢兵赦罪为上策；翰林学士钱徽、萧俛等人在延英殿对策，试图借此使朝廷停止军事行动。唯有裴度坚称吴元济不可赦免。
元和十一年（816年）六月，蔡州行营的唐邓节度使高霞寓在铁城之战中惨败于淮西军，几乎全军覆没，他自己也仅保住了性命，狼狈撤回。宰相们以为宪宗皇帝必定会对长期用兵感到厌倦，准备提议停止征讨。然而，在众宰辅刚要启奏时，宪宗说道：“胜败乃兵家常事。若王师每次出战都不该失败，那么自古以来朝廷用兵岂非易如反掌？屡战屡胜，就不应留下这号凶贼。今日只论此次用兵该与不该，以及朝廷决断处置是否妥当，各位只需在关键问题上做出处理。将帅不合适的，立即撤换，毋须迟疑；兵力不足的，迅速给予接应。怎能因一个将领的失利，就放弃既定的大计？”于是，大臣们不敢再提罢兵之事，平定淮西的计划这才得以继续推行。
到了元和十二年（817年），官军讨伐淮西已经四年，仍未取得胜利，“度支供饷，不胜其弊，诸将玩寇相视，未有成功”，这让唐宪宗李纯深感忧虑。宰相李逢吉、王涯等人以劳损军力、耗费财赋为由，意图劝皇帝罢兵。这时候裴度回应说：“臣请求亲自前往督战。”
次日，在延英殿再次讨论此事。待李逢吉等离开后，宪宗对裴度说：“卿真能替朕出巡吗？”裴度匍匐流泪道：“臣与此贼誓不两立！”宪宗深受感动，随后任命裴度为门下侍郎、同中书门下平章事、蔡州刺史，并担任彰义军节度使及申、光、蔡州观察使，兼任淮西宣慰招讨处置使。
八月初，裴度出发前往淮西，唐宪宗李纯亲自为他送行。裴度抵达前线后，便成为了督军统帅，并选择郾城作为指挥所。当时，各道军队中都有宦官监军，影响了主将的指挥权，“胜则（宦官）先使献捷，不利则陵挫百端”。裴度当即奏请免除监军，使得诸将能够不受拘束地专掌军事，这样作战更为有效。裴度治军严谨，“军法严肃，号令画一”，使得官军接连取得胜利。