自由军在接下来的几十年时间里，在扎伊尔自由邦扮演了重要角色，他们参与过消灭当地人民的起义，为立大功对待起义者比帝国军队还残忍；他们参与过对外战争，为帝国在非洲开疆拓土、建立当地霸权立下了汗马功劳；他们在帝国的殖民势力撤走后，成为了当地最大的势力，不仅有兵权，还有财政权和立法权，成为阻碍独立后的扎伊尔社会发展的主要因素，而有着“扎伊尔国父”之称的帕特里斯?卢蒙巴，也因为触犯了自由军的利益而被其杀死，直到后世的现在，自由军仍掌握扎伊尔的最高权力，根据自己的喜好随意更换总统，受到了国际社会的谴责。
光依靠军队还是不行的，自由邦政府还在当地开办学校，教当地黑人三纲五常以及汉语，要他们世世代代为帝国效忠。自由邦政府还会挑选一批较为优秀的黑人，去帝国留学，接受当地的精英教育，因此独立后的扎伊尔官方语言为汉语，不过帝国政府对这些黑人进行了严格的监视，要是做出什么出格行为，如骚扰帝国的女性，那就直接处死，不留任何情面。
这些从帝国留学归来的黑人，大部分为了谋取更大的利益加入了自由军，成为自由邦政府的鹰犬，有少部分为了反对自由邦政府的殖民统治进行抗争，如“扎伊尔国父”卢蒙巴。
自由邦建立后，帝国不少的官僚和商人被扎伊尔丰富的资源所吸引，他们纷纷在自由邦投资建设，如开办矿场，垄断当地的矿产资源，修建铁路和公路，垄断当地的交通，开办电力公司，垄断当地的电力系统，而这些东西，自由邦政府在撤出扎伊尔前，表面上交给了自由军管理，自身则在背后操控，而有着强烈民族意识的知识分子和政治人物，想收回被帝国和自由军控制的企业和交通，但都以失败而告终。
自由邦政府还出台了一系列优惠的移民政策，吸引了在帝国境内活得不怎么样的人前来定居，而帝国政府也乐见其成，因为在他们看来这些人是帝国境内不稳定的因素，全打包到海外最好。
来自帝国的移民很快成为了自由邦的主导者，而在这之后帝国的移民越来越多，逐渐挤压了当地黑人的生存空间，为此黑人们没少抗议，但都被自由邦政府出动的自由军物理解决掉，自由邦政府的回应是这样的：扎伊尔河流域是老天爷赏赐给我们的礼物，你们只是暂为代管，现在真正的主人来了，你们该让位了。
扎伊尔独立后，大部分帝国移民害怕受到扎伊尔当局的报复而回到了自己的祖国，剩下的移民则与自由军狼狈为奸，共同统治着整个扎伊尔。
为践行帝国政府要把扎伊尔自由邦建成一个大型军事基地的要求，自由邦政府联合国内的军火商人，在当地建立了不少兵工厂，生产枪支和火炮，还在扎伊尔河沿岸修建炮台，防止外来势力入侵，之后又建立了以制造小型军舰为主、中型军舰为辅的造船厂。
在自由邦政府几十年的治理下，扎伊尔的军事实力大大增强，成为了一个大型的军事基地。独立后的扎伊尔，还是非洲大陆上少数能自行制造武器的国家，军事实力能排在非洲第一位。然而，这些制造武器的厂房在自由邦政府撤走前都被其交给了自由军管理，而自由军因为有了自行制造武器的能力，在扎伊尔就更加肆无忌惮了。