在解决了那颗偏远星球的危机后，主角和伙伴们继续在宇宙间巡查。没过多久，他们察觉到一股强大的能量波动从银河系中心传出。赶到现场后，只见一艘巨大无比的古老战舰横亘在那里，战舰上刻满了各种看不懂的符文。
正当他们疑惑之时，战舰舱门打开，走出一群全身包裹着金属机甲的生物。为首的那个机甲生物开口道：“你们屡次破坏伟大计划，今天便是你们的死期。”原来这些生物是远古宇宙种族的后裔，妄图重塑宇宙秩序成为主宰，之前的种种事件都是他们的布局。
主角毫无畏惧，带领伙伴们冲了上去。战斗中，主角发现这些机甲生物可以吸收并转化他们的攻击能量。于是主角灵机一动，改变战术，让伙伴们佯攻，自己则悄悄潜入战舰内部。在战舰内部，主角找到能量转换装置并将其破坏。外部的机甲生物顿时乱了阵脚，主角和伙伴们乘势一举击败了他们。经此一役，主角明白宇宙隐藏的秘密还有很多，他们必须时刻做好准备，继续守护宇宙的和平与安定。
主角和伙伴们离开银河系中心后，继续踏上巡查之旅。在航行途中，飞船的探测系统突然捕捉到一种奇特的信号，这信号不同于以往任何已知文明发出的。顺着信号源寻去，他们来到一片神秘星云之中。这里弥漫着五彩斑斓的光芒和迷雾般的物质。
当他们深入其中时，发现一座巨大的水晶建筑漂浮在星云中。建筑周围环绕着一些散发着柔和蓝光的球体。还没等他们靠近，一道光墙挡住了去路。这时，从建筑里射出一道投影，是一个看起来充满智慧的类人生物形象。它说道：“你们通过了考验，是值得信任的守护者。这座建筑里藏着关于宇宙起源的部分真相以及对抗未来未知危险的力量源泉。”主角等人怀着敬畏之心走进建筑，里面有着无数闪烁的数据光流和神秘的设备。从此，他们带着新的使命，借助这里的知识和力量，更加坚定地守护宇宙。在探索水晶建筑内的奥秘许久之后，主角和伙伴们逐渐掌握了其中一部分知识与力量的运用方法。然而，就在他们准备离开之际，建筑内突然响起一阵警报声。
原来是之前被打败的远古宇宙种族后裔留下了后手，他们暗中启动了一个自毁程序，企图摧毁这座蕴含宇宙机密的建筑并且消灭主角一行人。
主角冷静下来，凭借着刚刚获取的新知识，迅速找到了控制自毁程序的核心枢纽。但要解除程序必须同时输入一组复杂而特殊的密码，这组密码分散在建筑各个角落的神秘设备当中。
伙伴们立刻分工合作，争分夺秒地寻找密码碎片。在最后一刻，主角成功将所有密码碎片组合起来，解除了自毁程序。
经历这场惊险后，主角深知保护宇宙的道路布满荆棘。他们带着从建筑中得到的一切，重新登上飞船，朝着浩瀚宇宙更深处进发，随时准备应对下一个威胁宇宙和平与安宁的挑战。他们在宇宙中继续前行，不久便发现一颗蓝色的星球，星球周围散发着祥和的气息。主角决定前去探查一番。降落到星球表面后，他们发现这里的生物类似地球上的精灵族，身形纤细，耳朵尖尖，而且都拥有操控自然之力的能力。