这些精灵族热情欢迎主角一行人的到来，并告知他们这个星球即将面临一场可怕的黑暗风暴侵袭。主角等人决定留下来帮忙。他们利用从水晶建筑中学到的知识，结合精灵族的自然之力，开始构建防御工事。
可是随着黑暗风暴临近，众人发现这股风暴背后有一双无形的大手在操纵，竟然又是远古宇宙种族后裔的阴谋。他们想要利用黑暗风暴毁灭这个美丽的星球以报复主角他们。
主角等人没有丝毫退缩，他们鼓舞精灵族一起奋战。主角凭借新获得的力量，冲入风暴中心，经过一番苦战，终于找到幕后黑手并将其击败。
黑暗风暴消散，星球恢复平静。主角和伙伴们告别精灵族，再次飞向宇宙深处，继续他们守护宇宙的征程。他们的飞船穿梭于星辰之间，突然遭遇了强烈的空间扭曲现象。飞船被卷入其中，一阵天旋地转之后，出现在一个完全陌生的星系。这里的恒星闪耀着奇异的紫光，行星的轨道杂乱无章。
正疑惑时，他们发现周围有许多巨大的机械生物正在拆解星球，汲取资源。这些机械生物并非之前遇到的种族。它们察觉到主角一行人的到来，纷纷停止工作，向主角他们围拢过来。
主角率先发起沟通，表示并无恶意。然而这些机械生物却认为主角等人是抢夺资源的敌人，不由分说就发动攻击。主角无奈之下只能应战，他发现这些机械生物的攻击方式很独特，是利用磁场操控金属碎片攻击。
伙伴们施展各自能力抵御，主角则尝试用刚学到的力量影响机械生物的控制系统。经过激烈战斗，主角终于入侵成功，使部分机械生物停止攻击。其他机械生物见状犹豫起来，主角趁机表明来意，希望共同探讨和谐共处之道。最终双方达成共识，主角等人也从这些机械生物处得知更多宇宙秘闻，随后继续踏上守护宇宙之旅。
在继续旅程中，他们接收到来自遥远星系的求救信号。到达目的地后，发现一颗星球被黑色黏液状物质覆盖，上面的生物痛苦挣扎。主角团队展开调查，发现这是一种邪恶的共生体生物，专门寄生吞噬星球上的生命能量。主角利用在水晶建筑中获取的知识研究对策，伙伴们负责救助被困生物。主角发现这种共生体怕高温和特定频率的震动。于是他们制造出产生高频震动和高温的武器，投入战斗。战斗异常艰难，共生体不断融合进化试图抵抗。关键时刻，主角激发自身潜在力量，将武器威力提升数倍，一举清除大部分共生体。剩余的共生体逃窜，主角等人紧追不舍。追到一处黑洞边缘，共生体竟想跃入黑洞逃生。主角果断出手，联合伙伴之力将共生体彻底消灭。拯救完这个星球后，他们再次启航，心中对守护宇宙的信念更加坚定，知道无论前方有多少未知危险，他们都会勇往直前。