1997年后，扬子集团加大汽车产业投入，斥资千万元强化技术中心，实现设计全流程计算机化。至2000年，累计开发67款新车型，覆盖皮卡、SUV、防弹运钞车等细分领域，其中防弹车填补了安徽省特种车空白。同时，扬子集团向上游延伸，自主生产座椅、车桥等零部件，形成垂直整合优势。
然而，如同任何产业发展都不会一帆风顺一样，扬子汽车在前进的道路上也遭遇了重重挑战。进入21世纪，随着中国加入WTO，国际汽车巨头加速进入中国市场，带来了全球领先的技术、先进的管理经验以及强大的品牌影响力。与之相比，扬子汽车尽管在轻型客车领域已颇有建树，但在技术研发深度、生产规模效益、品牌全球认知度等方面仍存在较大差距。原本畅销的轻型客车产品，市场份额受到严重挤压，销量逐年下滑，企业面临着前所未有的生存压力。
面对严峻的形势，扬子汽车没有选择坐以待毙，而是积极寻求转型之路。一方面，进一步深化与国内高校、科研机构的合作，加大在新能源汽车技术、智能驾驶技术等前沿领域的研发投入，试图通过技术创新实现弯道超车；另一方面，拓展产品线，不再局限于轻型客车领域，开始涉足小型货车、新能源城市配送车等细分市场，以多元化的产品布局来应对市场变化。
2005年3月，扬子汽车迎来关键转折。中银扬子与湖南长丰猎豹、北京新华联集团重组，成立安徽长丰扬子汽车制造有限公司。长丰集团持股55%，新华联30%，扬子集团15%，新公司定位为长丰集团第三大整车基地。尽管合资带来资源整合优势，扬子汽车的后续发展仍面临市场竞争加剧的压力。2010年开始，随着奇瑞、江淮等安徽车企在新能源领域崛起，扬子汽车未能及时转型，市场份额逐渐萎缩。但其在客车领域持续发力，例如生产校车、轻型客车，并通过安徽猎豹汽车有限公司延续品牌生命。
从1990年代的“造车新势力”到21世纪初的合资重组，扬子汽车见证了中国汽车工业的黄金时代与转型阵痛。尽管其辉煌逐渐褪去，但它在技术探索、市场开拓和机制创新上的实践，仍为安徽乃至中国汽车工业提供了宝贵经验。如今，安徽汽车产业以新能源为矛，冲击全球市场，而扬子汽车的兴衰，恰是这一征程中不可或缺的历史注脚。