2004年，一汽海南再次重组，股权结构调整为海南汽车集团持股 49%，一汽集团持股49%，海南省政府持股2%，海马汽车由此转变为国有资本与民营资本混合的股份公司。2005年，海南金盘实业股份有限公司（金盘股份，000572.SZ）收购一汽海马汽车销售有限公司50%股权，助力海马汽车借壳上市。次年，G金盘通过定向发行，成功获得剩余50%股权以及上海海马研发有限公司100%股权，实现了海马汽车管理层的MBO（管理层收购），进一步明晰了企业产权结构，激发了管理层的积极性与创造力。
2006年，海马汽车与马自达合作到期，企业迎来重大战略转型节点 —— 开启自主开发、生产和销售轿车的征程。自主品牌“海马汽车”正式亮相，这是海马汽车发展历程中的里程碑事件。为实现自主研发，海马汽车大力投入研发资源，搭建研发团队，建立研发中心，从模仿借鉴逐步走向自主创新。2006年底，一汽集团全面退出海马汽车股权，海马汽车彻底转变为民营企业，自此得以更加灵活自主地制定企业战略，全力投入自主研发与市场拓展。
2008年，海马汽车为拓展业务版图，进军微车市场。总投资高达80亿元在郑州兴建微车和零部件生产基地，填补了河南省轿车生产的空白。同年，海马轿车有限公司正式成立，标志着海马汽车在中原地区扎根布局，为后续发展奠定了坚实基础。
2007年，海马汽车收购郑州轻型汽车制造厂（现海马新能源汽车有限公司），并推出海马3车型。海马3作为海马汽车自主研发的首款车型，在设计、性能与品质上均展现出企业的创新实力与突破决心，开启了海马汽车产品自主化的新篇章。2008年，海马集团郑州基地15万辆整车项目启动，进一步扩大了企业生产规模。2009年，郑州30万台发动机项目启动，福美来第50万辆成功下线，同年海马汽车还成功获得新能源汽车生产资质，丘比特、第二代普力马也相继上市。这一系列成果彰显了海马汽车在生产规模、产品多元化以及新能源领域布局的积极进展，企业发展势头迅猛。