连朝廷文武百官都发不出工资薪水，这个时候出兵，粮草饷银从何而来，更何况孙恩虽然暂时跑回海岛，但东南沿海的天师道影响尚存。
如果朝廷大军西征，天师道死灰复燃，谁来御敌？
最后就是朝廷兵力远逊于荆州兵马，第一猛男刘牢之态度暧昧，遮遮掩掩。
但司马元显一意孤行，铁了心要跟桓玄决一胜负。
司马元显的水师舰队还没有启程，荆州的桓玄已经得到了消息。
他的堂兄桓石生在司马道子的府里担任长史，一得到消息就派人去密报了。
桓玄接到消息后，吓了一大跳，他本以为朝廷刚刚用了近三年时光平定孙恩之乱，人困马乏，不成想司马元显会选择与自己死磕到底，而且朝廷派遣了所有精锐前来，北府军为先锋，不禁心生惧意。
荆州长史，最重要的谋士卞范之进谏道：“桓公英明早已威震天下，司马元显乃一黄口小儿，刘牢之有勇无谋，更不懂朝廷政治风向，可加以利诱劝降。如果我们顺流而下，朝廷的抵抗必将土崩瓦解。”
卞范之的话令桓玄打消了疑虑，他命五哥桓伟镇守江陵，自己统帅七万大军东下迎击朝廷水师。
离建康越来越近，桓玄就越想越后怕，怀里像揣着一个小兔子似的，忐忑不安。
一个月后，荆州大军过了浔阳郡竟然没遇到朝廷的一兵一卒，反而接到了朝堂使者，齐王司马柔之送来的驺虞幡（驺虞乃上古神兽，从不杀生，魏晋时期这个旗帜象征着止戈息战，和平的意思）。
这说明朝廷心虚胆寒了，桓玄可算明白了，自己胆小，司马元显比自己还要胆小，他只不过是个虚张声势的纸老虎。
于是桓玄下令把司马柔之拖出去砍了祭旗，荆州军士气大涨。
这时好消息一个接一个的传来，不但是桓石生，桓谦、桓修都在朝中任职，密信一封接一封。
征讨大都督司马元显在皇帝司马德宗亲自赐酒壮行出征后，船队在石头城并未发兵。
另一封密信是揪出了武昌太守庾楷这个内鬼，于是，桓玄派人去捉拿庾楷，但庾楷抢先一步跑回了建康。
过了姑熟的长江江面是一路向东北延伸，摆在荆州大军舰队面前的是西岸的司马休之和东岸的司马尚之兄弟俩，正前方是冽州（魏晋时期长江中的沙洲）的刘牢之北府军。
桓玄不惧司马尚之兄弟俩，但忌惮刘牢之，于是修书一封，派自己麾下的何穆，刘牢之的族舅前往冽州送于刘牢之。
刘牢之其实已经犹豫很久了，此次的行动就像当年跟王恭“清君侧”一样，慢慢吞吞，不情不愿。
一来镇压孙恩之乱三年了，北府军人困马乏。