一方面，政工要选拔任用的干部，另一方面，又要对自己考察的干部进行监督：假如当如存在“带病提拔”的情况，政工无疑陷入了自己监督自己、自己否定自己的尴尬境地。
另一方面，改革后大量人力资源、办案资源、物质资源向办案倾斜，司法行政部门出现人员流失的“空心化”倾向。增速缓慢的行政人员总量确难以满足高速扩张的行政事务，出现1个人对接上级检察机关2个以上部门的工作情况。
司法行政人员考核机制不完善
目前，我国并未针对检察机关司法行政人员的考核出台专门规定。2021年10月14日，最高人民检察院印发的《检察人员考核工作指引》中提到：“检察辅助人员、司法行政人员应当结合岗位特点，参照检察官考核理念，按照简便易行的标准设计考核指标和规则。”并给出了四种考核模式。
但都具有一定的适用情况，而且其考核标准和依据相对抽象化、主观化、模糊化，没有严格的衡量标准，很难适应不同基层院的情况，在具体实务操作层面上有一定的难度。
建议
深化顶层设计，加强职业保障
尽快出台保障司法行政人员发展的政策规定，在政治待遇、经济待遇等方面给予司法行政人员足够的关注。
一是适当提升司法行政人员编制比例，增加司法行政人员的领导职数、中层职数，在一定程度上解决司法行政人员职级晋升问题。
二是尝试推行司法行政人员办案制度，允许具备法律从业资格的司法行政人员协助参与办案，既可以增强司法行政人员的业务能力，也可以在一定程度上缓解监察部门“案多人少”的问题。
强化队伍建设，建立责权清单
要彻底解决基层检察机关“人少事多”的工作现状，最主要的就是要解决好“人”的问题，做到“事情有人干，有人干事情”。
一是招聘，根据岗位需求，定向招录专职司法行政人员，以保持队伍的稳定性和专业性。
二是轮岗，充分考虑到人员退休、离调、辞职等人员流失因素，制定单位内部轮岗交流制度，允许检察辅助人员和司法行政人员之间互相交流学习。
三是培训，结合工作实际定期组织专业技术和行政管理能力培训，不断适应现代化行政管理需求。
转变思想观念，提升服务水平
司法体制改革以来，以“更好地实现法律监督职能”为导向的内设机构设置，将司法行政部门简单粗暴的定性为后勤保障部门，使得司法行政部门在一定程度上被边缘化。
要想更好地深化司法体制改革，就需要从思想上加以改变，认识到司法行政部门的重要性，加强对司法行政部门的重视，给予司法行政人员更多的关注和激励，让他们有干劲、有闯劲，有盼头、有奔头。