第一，法院组织法和民事诉讼法都是由最高国家权力机关制定的基本法律。《中华人民共和国立法法》（以下简称立法法）在第7条和第8条对全国人民代表大会的立法权做出了规定，法院组织法和民事诉讼法都属于由全国人民代表大会制定的基本法律。虽然这两部法律的立法实践均早于立法法（我国立法法于2000年颁布）的颁布时间，但其立法程序亦符合立法法的规定。1954年法院组织法由第一届全国人民代表大会第一次会议通过，1991年民事诉讼法由第七届全国人民代表大会第四次会议通过，而其后法院组织法和民事诉讼法的历次修正均由全国人民代表大会常务委员会完成。
第二，法院组织法和民事诉讼法属于不同的法律部门。法院组织法属于宪法法律部门，是宪法相关法，规定人民法院的设置、组织和职权，保障人民法院依法履行职责。民事诉讼法属于程序法，是国家最高权力机关制定颁行的、规范民事诉讼程序和民事诉讼法律关系主体之间权利义务的专门性法律。两部法律由于分属不同的法律部门，所以两部法律在立法目的、调整的社会关系及规范的事项亦不相同。
第三，在相关内容上，法院组织法作出概括性规定，民事诉讼法作出具体、程序性规定。法院组织法是规定审判组织活动的法律，其对人民法院参与民事审判、刑事审判、行政审判的审判组织及职权作出概括或一般性规定，三大诉讼法根据其各自特点，对民事、刑事或行政诉讼中的相关事项作出具体规定，对法院组织法的规定予以贯彻、落实。如法院组织法规定了合议制，民事诉讼法在总则设专章对民事诉讼中的合议庭的组成、职责、评议案件的程序等作出规定；同时在审判程序中对二审案件和再审案件合议庭的组成做出规定；刑事诉讼法在第三编“审判程序”第一章“审判组织”中对刑事诉讼中合议庭的组成和运行作出规定；行政诉讼法则在第一审普通程序中规定了人民法院审理行政案件的审判组织形式。
第四，法院组织法为民事诉讼法的实施提供组织制度保障。法院组织法为民事审判活动提供组织法上的依据，为人民法院（法官）行使职权（职责）提供保障。除规定审判组织和职权，法院组织法专门设置“人民法院行使职权的保障”一章，对影响人民法院履职行为的处理作出规定，保障人民法院行使职权。民事诉讼法则规定相关程序，保障人民法院（法官）正确履职，公正裁判。
由于两部法律发展完善的步伐并不完全一致，从而也就造成了从某一时间点看，两部法律相关规定上存在着差异。通过对二者比较可以发现，这些差异主要体现在审级制度和审判组织上。