除了与明朝发展密切关系外，舒尔哈齐还通过政治联姻来加强与其他女真部落的联系。万历二十四年（1596年），他迎娶了乌拉部落首领布占泰的妹妹，次年又将女儿额实泰嫁给了布占泰。这些举措进一步增强了舒尔哈齐的个人实力和影响力。同时，朝鲜方面也给予舒尔哈齐与努尔哈赤同等的待遇，朝鲜使者到访时会向两人馈赠同样的礼物，朝鲜国王也乐于在二人之间周旋，采取双重承认的策略，与明朝的做法相似。
随着建州女真各部的统一，努尔哈赤的力量日益壮大，他对明朝的态度也变得越来越敌对。努尔哈赤的下属经常与明军发生武装冲突，导致明朝对辽东的局势感到担忧。为此，明朝在万历二十九年（1601年）重新起用了前辽东总兵李成梁，以期改变当时的不利局势。李成梁上任后，立即采取了分化瓦解女真各部的策略。他利用舒尔哈齐与努尔哈赤之间的矛盾，对其特别优待，甚至让自己的儿子李如柏娶了舒尔哈齐的女儿为妾，从而加强了双方的关系。
万历三十三年（1605年），舒尔哈齐的妻子病逝后，李成梁父子更是备办了隆重的祭礼前来治丧，这让舒尔哈齐对明朝更加感激，他决心依靠明朝的支持，树立自己为建州女真的最高领袖。舒尔哈齐公开树立个人权威的行为，逐渐对努尔哈赤的地位构成了威胁，两人的关系也因此变得越来越紧张。在诸贝勒共同参加的会议上，由于意见不合，他们经常发生激烈的争执，努尔哈赤也开始考虑如何消除这个潜在的对手。
三、兄弟不合
万历三十五年（1607年）三月，居住在蜚悠城的一小支女真部落因无法忍受乌拉部的压迫，寻求投靠努尔哈赤。努尔哈赤随即派遣舒尔哈齐与自己的儿子褚英、代善，以及将领费英东、扬古利、常书、扈尔汉，率领三千兵马前往蜚悠城，以收编该部。当舒尔哈齐一行人行进途中，他突然产生疑虑，认为帅旗上出现了一层淡淡的幽光，预感不祥，想要撤兵。然而，在褚英和代善的反对下，舒尔哈齐只得继续前行。
抵达蜚悠城后，该部落酋长策穆特黑已准备好了五百户人丁，准备跟随努尔哈赤的队伍返回。一切准备就绪后，舒尔哈齐等人带领着新收编的部落返回途中，却遇到了乌拉部首领布占泰率领的一万骑兵拦截。布占泰是舒尔哈齐的姻亲，这使得舒尔哈齐陷入了两难的境地。在交战前夕，舒尔哈齐选择了带着自己的五百兵马退到一边，不愿意破坏与姻亲布占泰的关系。只有褚英和代善率领部队勇敢迎战。