顺治元年（1644年）四月，明山海关守将吴三桂因不满李自成的暴政，遣使向多尔衮请求援助，希望联合清军讨伐李自成的大顺政权。多尔衮迅速响应，带领清军在一片 石 击 溃了李自成派去切断吴三桂后路的唐通部农民军。随后，李自成与吴三桂在山海关前激战，双方一度难分胜负。到了中午时分，吴军逐渐实力耗尽，被农民军包围。关键时刻，清军突然加入战斗，农民军失利，李自成败退回京师。清军借此机会正式进入山海关。
五月二日，清军进占北京。多尔衮奏请福临迁都北京。同年六月，福临任命洪承畴为兵部尚书，协助处理政务。九月，顺治帝福临自盛京迁都北京。十月初一，在多尔衮和其他诸王以及满、汉大臣的劝进下，顺治帝福临在南郊天坛祭天，再次即位，并宣布定都北京，以安定中原。这一举动标志着清朝正式成为统治全中国的中央王朝。
顺治二年（1645年）初，清廷集中兵力分两路攻入陕西，一路由英亲王阿济格率领，吴三桂为前锋；另一路由豫亲王多铎率领，孔有德为前锋。李自成在潼关迎击清军，经过激烈战斗，农民军放弃西安，向东撤退到湖广地区。四月，农民军来到湖广通山县，李自成遭到当地地主武装的袭击，最终在通山九宫山遇害。同月，清军攻占扬州，多铎率军占领镇江。随后，清军追击南明弘光帝，将其俘虏并押解至北京斩首。
顺治三年（1646年）正月，清廷任命肃亲王豪格为靖远大将军，率师西征四川。同年，清廷调整了俸禄给养的规定，并罢黜了江南旧设的部院，改由在京的户、兵、工三部满汉侍郎各一人驻扎江宁，分理各部事务。十月，豫亲王多铎返回北京，顺治帝亲自出城迎接并慰劳。这一年，太和殿、中和殿修缮完成，制定了皇帝出行的迎送礼仪，位育宫（即保和殿）也修缮完成。
顺治四年（1647年），清朝皇室内斗加剧。郑亲王济尔哈朗因府邸逾制被罚。三月，《大清律》编纂完成，清廷下令停止圈地。七月，豫亲王多铎被加封为辅政叔德豫亲王。多尔衮开始独揽朝政，并取消了对顺治帝的跪拜礼。
顺治五年（1648年）三月，郑亲王济尔哈朗因罪被降为多罗郡王。肃亲王豪格因罪被捕，虽然福临起初不忍心处置他，但不久后豪格仍被多尔衮害死。同年，清廷允许满汉官民相互嫁娶，并初步设立了六部汉人尚书和都察院左都御史职位。十一月，顺治帝主持了祭天大典，并追尊太祖以上的四位先祖为皇帝。
顺治六年（1649年）正月，确定了内三院的官制。三月，豫亲王多铎去世，多尔衮回京奔丧。四月，太宗中宫皇后博尔济吉特氏去世。六月，英亲王阿济格与多尔衮发生争执，被多尔衮论罪并罢免职务。