在昭莫多之战后，噶尔丹失去了在天山以北的根据地，那里已经被他的侄子策妄阿拉布坦占据。面对这样的局面，噶尔丹进退维谷。由于噶尔丹拒绝了康熙帝的招抚，费扬古在1696年二月再次参与了第三次针对噶尔丹的军事行动。不过，这一次双方尚未交战，噶尔丹就在当年的闰三月十三日自杀身亡。
费扬古因为在平定噶尔丹战争中的杰出贡献，被封为一等公爵。在第三次讨伐噶尔丹的战事结束后，费扬古奉命调离归化城。当他离开该城时，当地商人和百姓纷纷前来送行，并且为了纪念他在抗击噶尔丹、戍边卫民及绥靖地方的过程中所做出的重大贡献，修建祠堂立像以表敬意。费扬古的这些举动不仅增强了边疆的稳定，也为当地人民带来了安宁。
三、功成而逝
费扬古的晚年仍然充满荣耀与挑战。在1696年六月，他因病不得不离开前线，康熙帝特地下诏让昭武将军马思喀接替他领军。费扬古返回京师后，虽然身体状况不佳，但他仍然担任着领侍卫内大臣的职务，并被晋封为一等公。尽管如此，费扬古仍旧因为未能生擒噶尔丹而感到遗憾，甚至主动上书请求辞职。康熙帝对此表示了深切的理解和赞赏，不仅拒绝了他的请辞，还特意对他进行了褒奖，称他为难得的良将。
康熙帝在评价费扬古时说道：“以前朕想要亲征噶尔丹，众臣都上谏阻止，惟费扬古与朕的意思相合，于是朕统兵西进。西征的道路非常遥远，水草困乏，费扬古全无顾虑，直抵昭莫多，将狡猾顽固的敌军大败。他多年统兵驭将，没有能比得上他的。”此外，康熙帝还强调了费扬古在多次出征中的卓越表现，称他为将精心策划调遣，使得缓急得宜，最终成功。
到了1701年，费扬古陪同康熙帝出巡索约勒济时，中途突发疾病。康熙帝得知后，十分关心他的病情，不仅驻跸一日，亲自前往探视，还赐给他御帐、蟒缎、鞍马等物，并从内帑中拿出五千两白银赠予他，以示慰问。康熙帝还派遣大臣护送费扬古返回京师。然而，费扬古的病情并未好转，不久之后便在京师病逝。清廷赐予他隆重的祭葬仪式，并追赠谥号“襄壮”。
费扬古去世后，其子辰泰承袭了一等侯的爵位，并兼拖沙喇哈番。为了表彰费扬古的功绩，雍正十年（1732年），他被追认为贤良，入祀贤良祠，这是对他一生贡献的高度肯定。
结语
费扬古的一生是清朝初期历史的一个缩影。他不仅在军事上建立了辉煌的成就，而且在政治上也留下了深刻的印记。通过费扬古的事迹，我们可以更加深刻地理解清朝初期的历史及其复杂的背景。作为一位忠诚且勇敢的将领，费扬古的名字至今仍被人们铭记，成为了清朝历史上不可或缺的一部分。