1593年，叶赫、乌拉、哈达等九部联军进犯建州，攻打黑济格城。在这场规模庞大的战役中，努尔哈赤亲自指挥抵抗，并派遣额亦都率领一百骑兵发起挑战。额亦都在战斗中斩杀了九名敌人，击退敌军，并生擒了叶赫贝勒布寨，趁胜夺取了诺赛寨、兆佳村。不久之后，纳殷路首领搜稳塞克什再次集结兵力，占据佛多和山。额亦都与噶盖、安费扬古联手，攻破佛多和山，成功斩杀了搜稳塞克什。
在接下来的几年中，额亦都继续随努尔哈赤征战四方。1599年，他参与了平定哈达部的行动；1607年，他随贝勒巴雅喇征讨东海女真渥集部，夺取了席黑、俄漠和苏鲁、佛讷赫拖克索等地；1610年，他又奉命安抚渥集部的那木都鲁、绥分、宁古塔、尼玛察四路，并成功招降了康古礼等十九人，随后夺取了雅揽路；1611年，他与何和礼、扈尔汉征伐渥集部虎尔哈路，攻克了札库塔城；1613年，他又随军平定了乌达部。
三、大败明军
1615年，努尔哈赤正式创建了八旗制度，额亦都被编入镶黄旗，这标志着他在努尔哈赤政权中的地位得到了进一步的巩固。仅仅一年后，1616年，努尔哈赤自立为汗王，建立了后金政权，并任命额亦都、费英东、何和礼、扈尔汉、安费扬古为五大臣，共同执掌国家大事。这一举措不仅体现了努尔哈赤对这些将领的信任，也反映了他们在努尔哈赤心中的重要地位。
1617年，额亦都与安费扬古一起，开始了对明朝边疆的进攻，相继夺取了马根单、花豹冲、三岔儿等重要堡垒，进一步扩大了后金的领土范围。这些胜利增强了后金的信心，也为后来更大规模的战役奠定了基础。
1619年，明朝辽东经略杨镐组织了大规模的军事行动，试图遏制后金的扩张。杨镐分兵进犯后金，四大贝勒之一的代善率军抵御。在太兰冈，代善提出等待努尔哈赤到达后再行动，但四贝勒皇太极认为应该立即行动，以保护界藩城的筑城役丁，并避免向敌人示弱。额亦都对此表示赞同，并支持皇太极的观点。