康熙十九年（1680年），徐乾学又参与了一项重要的文化工程，他为纳兰性德搜集了大量唐代至明代学者解经的书籍，最终纂辑成了《通志堂九经解》，共1795卷，这对于后世了解古代儒家经典的研究具有重要意义。
到了康熙二十一年（1682年），徐乾学被任命为《明史》的总裁官，负责领导编纂这部重要的历史着作。这不仅体现了他在当时学术界的地位，也是对他学术能力的高度认可。
在康熙二十二年（1683年），徐乾学担任了翰林院侍讲，不久后又升任为侍讲学士。
三、翰林升迁
康熙二十三年（1684年），徐乾学的家庭再次受到了科举考试的影响。这一年，他的儿子徐树屏和侄子徐树声参加了顺天乡试，并且都考中了举人。然而，这次考试引起了康熙帝的关注，因为他发现许多中举的人来自江南和浙江地区，并且有一些应试者的文章出现了文理悖谬、文体不正的问题。为此，康熙帝下令重新审查考卷，并最终决定将原本的考官撤职严办。这一决定也波及到了徐家，徐树屏和徐树声也因此失去了举人的资格。
尽管遭遇了这样的挫折，但徐乾学的职业生涯并未受到太大影响。同年年底，他被提拔为詹事府詹事，这是一个重要的职位，通常由有经验的官员担任，负责辅佐太子等皇室成员的学习和政务。
到了康熙二十四年（1685年），徐乾学的仕途进一步攀升。这一年，康熙帝在保和殿举行了一次针对翰林和詹事的考核，徐乾学在这次考核中被评为一等，并与其他几位官员如韩菼、孙岳颁、归允肃等一起获得了皇帝的褒奖和赏赐。随后，徐乾学被提升为内阁学士，并在南书房值班，这意味着他已经成为皇帝身边的近臣。此外，他还被委任为《大清会典》和《一统志》的副总裁，负责这两部重要文献的编纂工作。为了培养新进的官员，徐乾学还为庶吉士编写了一部名为《教习堂条约》的书籍，该书后来被收录进了《学海类编》中。同年，由徐乾学主持解释的《古文渊鉴》完成，全书共六十四卷，对古代文学作品进行了详尽的整理和注释。