同年四月，以给事中张嵩、曹怀、章侨、安磐为代表的官员，公开要求罢免方献夫，并反对世宗更改献帝称号的决定。面对排山倒海的舆论压力，方献夫试图请假居家以避风头，未果后，他于四月末递交了更为详尽的《大礼》论着，系统阐述自己的观点，表现出坚持己见的勇气。
六月，局势进一步升级，郑本公等四十余名官员联名上书，强烈指责桂萼、张璁等人为“奸邪”，并将方献夫等人一并列为“为非作歹”之辈，认为他们的行为比前朝权奸刘瑾、魏彬有过之而无不及。尽管如此，明世宗并未被这些言论所动，反而在六月十三日任命桂萼、张璁为翰林院学士，方献夫则被提拔为侍读学士。这一决定激起了更大范围的反对声浪，方献夫本人亦两次 上 疏 恳请辞退，均遭世宗拒绝。
随后，监察御史王时柯上疏，直指“议礼诸臣”如桂萼等因迎合上意而获得晋升，而那些敢于直言的大臣却遭到贬谪或惩罚，他呼吁皇帝应广纳忠言，区分忠奸，建议宽恕如薛蕙等直臣，同时允许方献夫等人辞职，以平息争议，恢复朝堂的公正与和谐。
最终，在九月五日，明世宗采纳了方献夫、张璁、桂萼等人的意见，正式确立了“大礼议”的解决方案，这一决策不仅巩固了世宗的皇权，也让方献夫等支持者得到了皇帝的极大信任与恩宠。
三、激流勇退
嘉靖三年（1524年）的秋天，方献夫在经历了“大礼议”风波之后，面对朝堂上持续的争议与个人声誉的两极分化，内心开始萌生退意。九月二十五日，他首次跟随张璁向明世宗提出退休的请求，希望能在政治的激流中抽身而出，寻求一份宁静。然而，明世宗对方献夫寄予厚望，不愿轻易失去这位得力助手，因此并未批准他的请求。方献夫并未因此放弃，十一月五日与十二日，他又两次上疏，表达了自己坚决的退休意愿，但均遭到世宗的慰留与拒绝。在这一过程中，方献夫展现了一种淡泊名利、追求内心平静的心态，同时也反映了明代士大夫“知进退”的传统美德。