然而，次年（1622年），后金军攻势不减，西平堡、平阳桥等地接连失守，明军将领战死沙场。王化贞与熊廷弼不得不撤回关内，辽东形势进一步恶化。同年，熹宗任命袁可立为右佥都御史，负责登莱地区的军务，以加强对山东沿海的防御。同年八月，皇五弟朱由检被封为信王。
天启三年（1623年），魏忠贤掌握了东厂的控制权，开始利用阉党的力量对抗东林党。此时的熹宗，更倾向于木工技艺，而非处理政务。每当他沉浸于木工时，魏忠贤便趁机奏事，熹宗往往不耐烦地回应，授权魏忠贤自行处理。这给了魏忠贤机会矫诏擅权，排挤东林党人，导致朝政腐败，东厂番子横行无忌。
三、党争祸国
天启四年（1624年），明朝朝廷陷入了一场前所未有的政治风暴。左副都御史杨涟上书弹劾魏忠贤，列举了其二十四条大罪，试图揭露魏忠贤的罪行。然而，熹宗朱由校并未采纳这些意见，对魏忠贤的信任依旧。随后，朝廷对反对魏忠贤的大臣们进行了严厉的惩罚，陈于廷、杨涟、左光斗等官员被削职为民，魏忠贤的权力愈发巩固。
魏忠贤的权力膨胀到了极点，他不仅在朝中一手遮天，还被称为“九千岁”，各地纷纷为他建立生祠，以示尊崇。与此同时，客氏在后宫中兴风作浪，不仅操控皇帝的后宫生活，还涉嫌谋害怀孕的妃子，甚至影响到皇后，其野心昭然若揭，意图模仿古代的权臣吕不韦，掌握朝政大权。
魏忠贤及其阉党不仅清除异己，还加剧了对民众的压迫，使得社会经济陷入困境，百姓生活苦不堪言。东林六君子——杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章等——相继遭到迫害，最终在狱中含冤而死，标志着东林党争达到了高潮。
天启五年（1625年），魏忠贤进一步清洗政敌，杨涟等人被捕入狱后不久即遭杀害。朝廷还下令捣毁东林党讲学书院，彻底切断了东林党的根基。同时，魏忠贤利用辽东战败的机会，将与东林党关系密切的熊廷弼定罪处死，其首级被传至边疆示众，以此震慑朝野。
在魏忠贤的操控下，兵部尚书高第被任命为蓟辽总督，而曾为辽东防务做出贡献的孙承宗被迫退休。高第在任上表现出色的怯懦，命令关外各城守军拆除防御设施，撤入关内，放弃了包括锦州、右屯和大、小凌河在内的多个战略要地。唯有袁崇焕坚守宁远，坚决抵抗，成为了那段黑暗时期中的一抹亮色。